Военно-морской флот стал одной из причин гражданской войны в Англии 1642—1645 годов. Король Карл I взимал корабельные деньги с 1634 года, и этот непопулярный налог стал одной из предпосылок к войне. Казнь Карла I форсировала расширение флота, которое было вызвано ещё и увеличением числа потенциальных и действовавших врагов Англии: в 1650-е годы началось массовое строительство кораблей. Эта вторая реформа флота проводилась под руководством «морского генерала» (так называли ранее современных адмиралов) Роберта Блейка во время Английской республики Оливера Кромвеля. В 1651 году «Акт о навигации» привёл к прекращению торговли с Голландией, и с 1652 по 1674 годы между англичанами и голландцами разразились три войны, вызванные отчасти и конкуренцией в торговле. В конце концов, голландцы признали Акт о навигации, и англичане выкупили все голландские торговые корабли.

В 1664 году англичане в ходе второй англо-голландской войны захватили Новый Амстердам (будущий американский Нью-Йорк). С 1672 года англичане стали переходить к ведению крупномасштабных сражений. Для флота был разработан Воинский устав, который регулировал поведение офицеров и моряков, а Воинские инструкции определили правила ведения боя. Следуя этим документам, англичане стали одерживать больше и больше побед, заполучив славу самого сильного военно-морского флота мира. В 1689 году после Славной революции королём Англии и Шотландии стал Вильгельм III Оранский, который в 1692 году подписал указ о включении королевского флота Нидерландов в состав английского флота и его переподчинении британским адмиралам.

Славная революция 1688 года изменила политическую карту Европы и вылилась в серию англо-французских войн, продолжавшихся более века. Английский флот во многом решал успех в войнах с Францией, Испанией и Америкой (1690-1790). Тогда был классический век парусников: хотя сами парусные корабли не претерпели никаких серьёзных изменений, техника и тактика развивались большими шагами, и во времена Наполеоновских войн суда продемонстрировали все те возможности, которые казались недоступными в XVII веке.

Концентрируя все свои военные ресурсы на военно-морском флоте, Британия могла не только обеспечить собственную защиту, но и позволить себе контролировать важнейшие морские торговые маршруты. Британцам нужна была относительно небольшая, но высокомобильная профессиональная армия, которая могла добраться на кораблях туда, куда было необходимо. Флот мог поддержать сухопутные части с моря бомбардировками, поставкой припасов и подкреплений, а также перерезать пути сообщения противнику (как это сделали британцы в Египте). Другим европейским странам приходилось в силу своего географического положения разделять свои ресурсы между сухопутными войсками, флотом и гарнизонами для защиты сухопутных границ. Именно господство на море позволило Великобритании создать свою большую империю: начало этому положила успешная Семилетняя война (1756-1763), а в XIX веке у Великобритании появились серьёзные военные, политические и экономические преимущества над подавляющим числом других стран.

Все эти успехи Англия получила благодаря тому, что ее главные правители правильно понимали и оценивали роль военно-морского флота, делали все необходимое для его развития и совершенствования. Король Англии Генрих VII, по существу, создал первый королевский флот, Генрих VIII поощрял морскую торговлю, Мария Тюдор послала экспедицию для поиска северо-восточного прохода в Китай и Индию.

В правление Елизаветы Англия превратилась в могущественную морскую державу. Время правления Елизаветы иногда называют «золотым веком Англии» в связи с расцветом культуры (т. н. «елизаветинцы»: Шекспир, Марлоу, Бэкон и др.) и с возросшим значением Англии на мировой арене (разгром Непобедимой Армады, Дрейк, Рейли, Ост-Индская компания). Но главное – именно при Елизавете Англия стала на долгие годы «владычицей морей».