Сугубо военный фактор в России существенно дополнялся необычным политическим фактором. Сразу же после смерти Екатерины II её сын взял курс на сближение с Мальтийским орденом. Это сближение, очевидно, связано с новыми идеями, которыми Павел I надеялся наполнить борьбу с распространением французской революции. 4 января 1797 года была подписана «Конвенция, заключенная с Державным Орденом Мальтийским и его Преимуществом Грос-Мейстером, – об установлении сего Ордена в России». С учётом важности данного обстоятельства для средиземноморских военных кампаний и лично для Ф. Ф. Ушакова приведём некоторые выдержки из данного документа.

Текст Конвенции начинался словами: «Его Величество Император Всероссийский с одной стороны, соизволяя изъявить знаменитому Ордену Мальтийскому Своё благоволение, внимание и уважение, и тем обеспечить, утвердить и распространить в Областях Своих заведение сего Ордена, существовавшее уже в Польше, а особливо в присоединенных ныне к Российской Державе Областях Польских, и желая также доставить собственным Своим подданным, кои могут быть приняты в Знаменитый Мальтийский орден, все выгоды, почести и преимущества от того проистекающие; а с другой стороны Державный Мальтийский Орден и Его Преимущество Грос-Мейстер <…> с общего согласия условились постановить Конвенцию <…>».

Статья I гласила: «Его Величество Император Всероссийский, последуя Своему правосудию и во изъявление приязни и Высочайшего Своего благоволения к знаменитому Мальтийскому Ордену, признает за благо, подтверждает и ратификует за себя и Преемников Своих на вечныя времена, во всем пространстве и торжественнейшим образом заведение помянутаго Ордена в своих владениях <…>».

Статья II: «Его Величество Император <…> жалует в собственность оному Ордену ежегодно по 300 тыс. польских злотых <…>».

Статья V: «Великому Приорству в России состоять из сана Великаго Приорства и из десяти Командорств».

Специальными статьями (XXXII–XXXIV) был установлен особый мундир для великого приорства Российского и правила ношения его и знак ордена: «Великий Приор и Командоры только будут иметь право носить орденский крест на шее, а прочие Кавалеры должны носить малый крест в петлице».

Конвенция с Россией лишь частично компенсировала потери Мальтийского ордена, которые он понес от французской революции и продолжал нести. Все новые территории отходили к Франции (в частности, по Кампоформийскому договору 1797 года – в настоящее время пишут «Кампо-Формийскому»), и везде орден терял свою собственность и доходы. И уж тем более она не смогла защитить от надвигавшейся непосредственной угрозы самому острову.

Тем временем, сначала в ноябре 1797 года, затем в феврале 1798 года последовали указы вице-адмиралу Ф.Ф. Ушакову (командующему Черноморским корабельным флотом), Н.С. Мордвинову (главе Черноморского адмиралтейского правления, Главному командиру Черноморскими флотами), вице – адмиралу П.И. Лежневу (командующему гребным флотом) о принятии мер по обороне берегов Крыма и о приведении флота в боевую готовность на случай внезапного нападения. В апреле-мае император дал указание об организации крейсерства между Одессой и Севастополем, чтобы в случае внезапного появления флота противника (предполагалось, что это будет турецкий флот в союзе с французами) в Черном море дать ему сражение. Получил указания и командующий войсками в южных губерниях генерал – лейтенант П.М. Дашков. Так были задействованы военные меры противодействия Франции.

В июне 1798 года на пути из порта Тулон в Египет французский флот, на кораблях которого находилась армия под командованием генерала Бонапарта, бросил якорь у острова Мальта. Бонапарт действовал решительно, а малочисленный гарнизон и рыцари ордена Святого Иоанна не могли оказать действенного отпора. Между французами и орденом была подписана конвенция, в соответствии с которой Мальта переходила под суверенитет Франции, а рыцари должны были покинуть остров в течение трех дней.