С окончанием войны экипажи кораблей включились в работу по строительству Севастополя. Правительство по-прежнему отпускало мало средств на эти цели, и почти все создавалось силами моряков и солдат. Под руководством Ф.Ф. Ушакова было закончено строительство портовых сооружений, значительно расширено адмиралтейство, возведены новые мастерские и склады, каменные казармы для матросов, новое двухэтажное здание морского госпиталя на триста коек. В 1792 году Ф.Ф. отправился в Санкт-Петербург, где был принят императрицей. После этого он отправился в четырёхмесячный «домовой отпуск». В мае 1793 года вернулся в Севастополь.

Принимались меры к дальнейшему укреплению Севастопольской крепости. В июле 1793 года в Севастополе побывал А.В. Суворов, снова назначенный командующим войсками юга, расположенными в Екатеринославской губернии и на Крымском полуострове. Состоялась встреча двух военачальников – Ушакова и Суворова, сыгравших огромную роль в борьбе за выход России к берегам Черного моря. Они обсудили план дальнейшего строительства береговых укреплений. Флот в этом году в море не выходил, однако командующий корабельным флотом 2 сентября был произведён в вице-адмиралы. В 1794–1796 гг. вице-адмирал Ф.Ф. Ушаков с частью корабельного флота осуществлял практическое плавание между Севастополем и Гаджибеем. Накалённая обстановка в Европе пока не сказывалась на подготовке флота. Самые большие затруднения были внутренние – недостаток материалов; денег, выделяемых из казны; проблемы с ремонтом кораблей и продолжением строительства порта; самоуправство вышестоящих чиновников Государственного Черноморского адмиралтейства и тысячи других обыденных проблем, которые приходилось решать флоту. Тлел и давний конфликт между Ф.Ф. Ушаковым и председателем адмиралтейства Н.С. Мордвиновым.

Встреча Суворова и Ушакова в Севастополе. Худ. В.Д. Илюхин

В конце 1795 года возникла и ещё одна проблема. Все командиры кораблей во главе с Ф.Ф. Ушаковым (за исключением Д.Н. Сенявина) высказались отрицательно по конструкции новых 74-пушечных кораблей «Св. Пётр» (за исключением командира этого корабля капитана 2 ранга Д.Н. Сенявина) и «Св. Захарий и Елизавета», построенных адмиралтейством. Причём их мнение дошло до Адмиралтейств-коллегии в Санкт-Петербурге. Разбирательство продолжалось более двух лет. Через два месяца после прихода к власти Павла I вице-адмирал Ф.Ф. Ушаков 5 января 1797 года пишет письмо иператору, в котором просит монаршего благоволения и покровительства, а также разрешения прибыть в Санк-Петербург для личного доклада о положении дел на Черноморском флоте. Очевидно, в тот момент смены власти такое письмо было необходимо. Однако всоре вместо разрешения приехать, получает указ о направлении контр-адмирала П.К. Карцова для инспекции черноморских флотов. Его заключение о состоянии флотов и порта оказалось положительным (донесение Карцова Павлу I от 16 апреля 1797 года).

Тем временем во Франции с 1789 года происходили глобальные революционные процессы. Рубили головы внутренним врагам и воевали с внешними врагами. Естественно, несмотря на осторожность, вынуждено было принимать превентивные меры и русское правительство.

Считается, что Россия, только что закончившая войну со Швецией и Турцией, занятая подавлением шляхетского движения. в Польше, открытого участия в войне против Франции не принимала. Однако Екатерина II всячески поощряла создание коалиции и оказывала поддержку французским эмигрантам. Русское правительство после пугачевского восстания особенно боялось проникновения в страну революционных идей. К тому же Франция часто проявляла свою враждебность к России, поддерживая постоянных ее врагов – Турцию и Швецию, вмешивалась в польские дела. В то же время Россия была тесно связана с Англией, являвшейся, основным рынком сбыта русской сельскохозяйственной продукции и леса. К развязыванию войны в Европе Россию побуждало также стремление отвлечь внимание Австрии и Пруссии от Польши и создать себе этим более выгодные условия при разделе земель Польши.