Лейтенант Колчак прибыл в Порт-Артур 18 марта, через три недели после вступления Макарова в командование. Как рассказывает адмирал Смирнов (в 1904 году – младший флаг-офицер штаба командующего флотом в Тихом океане), Александр Васильевич рвался «на активную должность – на миноносец, но адмирал Макаров сказал, что после столь трудной экспедиции Колчаку необходимо несколько отдохнуть и пожить в человеческой обстановке на большом судне, и назначил его на крейсер “Аскольд”». Мнения об этом назначении расходятся. Согласно одной точке зрения, должность вахтенного начальника на «Аскольде», где сам Макаров «отдыхал и ночевал после каждого многотрудного дня, проведенного на броненосце “Петропавловск”», была следствием явного благоволения адмирала: «Этим назначением командующий хотел предоставить лейтенанту возможность отдыха после полярной экспедиции и приблизить его к себе, чтобы познакомиться получше». Другая версия, напротив, представляет дело в виде скрытого конфликта: «Колчак не просил чего-то чрезмерного: командование миноносцем – лейтенантская должность. И Макаров действительно предполагал заменить часть командиров миноносцев», – а подлинная причина отказа («Макаров, как с долей обиды рассказывал потом Колчак, “упорно” не хотел назначать его на миноносец») якобы лежала в области, ничего общего с текущей войною не имевшей: «Макаров смотрел на Колчака как на прыткого молодого человека, который перебежал ему дорогу, когда готовилась экспедиция на поиски Толля. Поэтому и возникло желание попридержать слишком резвого лейтенанта, поставить его на место», – с выводом: «Макаров не всегда точно оценивал людей».

Такую интерпретацию можно считать или не считать правдоподобной – неоспоримых подтверждений она, конечно, не имеет и, как все версии, основанные на психологической реконструкции, весьма уязвима, – но для того, чтобы несколько «попридержать» Колчака, могли найтись и более объективные причины. Здоровье лейтенанта, несмотря на его высокий боевой дух, действительно внушало опасения (вспомним хотя бы постоянные «купания» в ледяной воде!), и перенесенное Колчаком вскоре тяжелое воспаление легких, а затем появившиеся признаки суставного ревматизма вполне оправдывают беспокойство адмирала, если считать его искренним, а не «дипломатическим». Нельзя забывать и о том, что в течение нескольких лет лейтенант фактически не нес настоящей строевой службы и не совершенствовался в своих профессиональных навыках. Опыта самостоятельного командования в боевой обстановке у него не было, минным офицером он никогда не служил, гидрографические заслуги к ведению военных действий никакого отношения не имели, а личного мужества, столь ярко проявленного Колчаком во время спасательной экспедиции, нередко бывает недостаточно для командования кораблем – дела, сопряженного с высочайшей ответственностью и риском не только для своей жизни, но и для десятков жизней подчиненных офицеров и матросов.

Уже поэтому Макаров мог не спешить с назначением, да и репутация лейтенанта во время службы последнего на «Аскольде», если командующий ею интересовался, вряд ли побуждала к быстрому его повышению. Именно об этом периоде Пилкин (сам порт-артурец) вспоминает, что Колчак «жестоко дрался» и даже «в баллотировочной комиссии ст[арший] офицер “Аскольда” Теше возражал против производства Колчака и положил ему черный шар, ставя ему в вину жестокое обращение с командой» (правда, воспоминания сослуживца Александра Васильевича по «Аскольду» позволяют предположить и другие причины конфликта: «Чрезвычайно требовательный в своих отношениях по службе, крайне нервный и подчас резкий, он не поладил со старшим офицером и просил убрать его с корабля»). Как бы то ни было, «упорное» нежелание Макарова продвигать Колчака продолжалось недолго: уже 31 марта «Петропавловск», на котором вышел в море адмирал, подорвался на японской мине и погиб вместе с большинством членов экипажа, в том числе и командующим флотом.