Карл Крузенштерн после учёбы в школе при Домском соборе был направлен родителями в Императорский пажеский корпус.

К сожалению, отец мальчиков, Иоганн Крузенштерн, был не в состоянии финансировать обучение обоих сыновей в этом дорогом привилегированном учебном заведении. Но он хотел, чтобы и второй сын продолжил своё образование в одном из военных корпусов в Петербурге. Во всех ранее изданных биографиях адмирала Ивана Фёдоровича Крузенштерна сказано, что выбор Морского кадетского корпуса был случайным и рекомендован кем-то из знакомых семьи. Считаю, наиболее вероятно, учиться в Морском кадетском корпусе посоветовал родной племянник матери Адама Иоганна – тридцативосьмилетний Иоганн Клуген (Johann Heinrich von Klugen, Lodensee 08.06.1747 – Kronstadt 1827), на русской службе Иван Иванович Клуген.

Он служил в Кронштадте и смог бы присмотреть за своим двоюродным братом, четырнадцатилетним Адамом Иоганном, который разговаривал только на немецком языке.

В семье двоюродного брата мальчик не чувствовал бы одиночества вдали от родного дома. В дальнейшем Иван Иванович Клуген в чине генерал-майора был комендантом Кронштадта.

Таким образом, выбор пал на Морской кадетский корпус, учреждённый указом от 15 декабря 1752 года императрицей Елизаветой Петровной для «государственной пользы».

При поступлении в Морской кадетский корпус Адам Иоганн был записан на службу под именем Ивана Фёдоровича Крузенштерна, и с тех пор до конца жизни и в настоящее время он известен в России только так.

Директором Морского кадетского корпуса во время учебы в нём Ивана Фёдоровича Крузенштерна был вице-адмирал Иван Логинович Голенищев-Кутузов.

Морской кадетский корпус раньше находился в Петербурге. Во время случившегося на Васильевском острове 23 мая 1771 года сильного пожара здание Морского кадетского корпуса сгорело. Это учебное заведение перевели в Кронштадт и разместили в Итальянском дворце. Директор корпуса постоянно жил в Петербурге, загруженный работами на занимаемых им высоких постах, вплоть до вице-президента Адмиралтейств-коллегии. Поэтому он крайне редко посещал своих воспитанников в Кронштадте. Когда директор корпуса приезжал в Кронштадт, его всегда принимали с большими почестями. Корпусное начальство заблаговременно готовилось к встрече, и во всё время пребывания вице-адмирала Ивана Логиновича Голенищева-Кутузова в Морском кадетском корпусе стоял почётный караул.

Портрет адмирала Ивана Логиновича Голенищева-Кутузова (01.09.1729—20.01.1802). Холст, масло. Художник Д. Г. Левицкий.  Адмирал Иван Логинович Голенищев-Кутузов изображён в мундире Морского кадетского корпуса, в кирасе из золотого глазета, являющегося отличительным знаком кавалера ордена Святого Иоанна Иерусалимского Большого креста, с лентами орденов Святого Апостола Андрея Первозванного и Святого Равноапостольного Князя Владимира I степени. На левой стороне груди изображены звёзды орденов Святого Андрея Первозванного и Святого Владимира I степени. На шее кресты орденов Святой Анны I степени с алмазами и Святого Иоанна Иерусалимского.

Однако из-за редкого посещения вице-адмиралом вверенного ему учебного заведения дела в Морском кадетском корпусе постепенно приходили в упадок. Многие известные педагоги, подражая своему директору, не переехали в Кронштадт, а остались в Петербурге и только изредка наведывались в Морской кадетский корпус. Такое положение не могло остаться без последствий: возникло пренебрежение к обучению и воспитанию кадетов, содержание которых было более чем суровым. Помещение, в котором жили кадеты, плохо отапливалось, в разбитые и прикрытые тряпьём окна нещадно дуло, одежда была ветхой, заношенной, а питание скудным.