Следствием неудачных попыток заменить личное начало коллегиальным было то, что сибирский губернатор, князь М. П. Гагарин – доверенное лицо царя, – сосредоточил в своих руках полномочия, которые ранее принадлежали судье Сибирского приказа и тобольскому воеводе. Бесконтрольность его власти усиливалась тем, что новые высшие государственные органы (Сенат и Ближняя канцелярия царя) с самого начала не могли справиться с огромной массой судебных, административных дел и финансовой отчетностью, которые поступали из всех губерний России.
Обширность территории, подвластной князю М. П. Гагарину, приводила к тому, что он постоянно был в переездах между Тобольском и столицами – старой (Москвой) и новой (Санкт-Петербургом). В первый раз князь приехал в Сибирь во второй половине 1711 года. В конце весны 1712 года – ездил в Москву вместе с «походной Сибирской губернии канцелярией», а уже в июне отправился обратно в Сибирь. Зимой 1713 года М. П. Гагарин вновь ездил по делам губернии к царю. В 1714 году князь в первый раз попал под следствие и был отозван в столицу. По указу Петра I с 7 декабря 1714 года по 4 января 1716 года губернией правил тобольский обер-комендант И. Ф. Бибиков. Наконец, в 1717 году в связи с началом нового следствия М. П. Гагарин окончательно выехал из Сибири.
Бюрократическим аппаратом, позволявшим князю М. П. Гагарину успешно справляться со своими обязанностями, был новый орган – Сибирская губернская канцелярия. В 1713 году все дела в ней вершили пять дьяков и 24 подьячих – семь старых, два «средней статьи» и 15 молодых. Структура канцелярии была в основном унаследована от Тобольской приказной палаты. Известно о действии в это время приходного и расходного, разрядного и судного «столов» губернской канцелярии47.
По указу о разделении России на губернии в состав Сибирской вошли следующие города: Тобольск, Енисейск, Илимск, Тара, Березов, Сургут, Тюмень, Томск, Мангазея, Иркутск, Кузнецк, Туринск, Верхотурье, Якутск, Красноярск, Пелым, Нарым и Кетск. А также в ее состав вошли приписанные вновь «поморские города» – Кунгур, Пермь Великая, Чердынь, Соль Камская, Кай-городок, Яренск и Вятка с уездами48. Причем присоединение «поморских городов» к Сибирской губернии происходило с личного разрешения Петра I49 при активном посредничестве князя А. Д. Меньшикова, за которое М. П. Гагарин приказывал дьякам Сибирского приказа прислать ему собольи и лисьи меха50. Свою версию присоединения этих городов выдвинул В. Н. Татищев, по мнению которого основным движущим элементом была жадность М. П. Гагарина: «нахватал» городов, чтобы потом их грабить51. Учреждение Сибирской губернии привело к ликвидации старой единицы административного деления (разряда), но сам принцип объединения нескольких уездов сохранился.
Проведение губернской реформы привело к замене старого термина «воевода» новым («комендант»), причем иногда они встречаются как взаимозаменяемые в одном и том же документе. Само название «комендант» было заимствовано из прибалтийских провинций. В Сибири князь М. П. Гагарин повелел «воевод писать комендантами» после своего приезда в Тобольск в октябре 1712 года52.
Петр I в 1715 году предпринял попытку отделить гражданское управление от военного на уровне уезда. Именным указом от 28 января 1715 года были полностью изменены обязанности ландрата в местном управлении. Согласно этому указу должности обер-коменданта и коменданта упразднялись в тех городах, где не было военного гарнизона. Комендант должен был стать исключительно командиром гарнизона, а его административные, судебные и фискальные обязанности переходили к ландратам. Указом от 10 ноября 1715 года ланд-ратам было велено провести перепись крестьян, бобылей и других тяглецов