В компетенцию Сибирского приказа по указу о восстановлении 1730 года входило назначение всех сибирских чиновников, за исключением губернатора138. Воеводы и управители городов и дистриктов, входивших в состав Иркутской провинции, стали назначаться по указам Сибирского приказа и иркутского вице-губернатора и были в исключительном ведении Иркутской провинциальной канцелярии. Низшим звеном в этой системе были воеводские канцелярии. В Тобольской провинции они действовали в Верхотурье, Туринске, Таре, Березове, Пелыме, Нарыме, Сургуте, Тюмени, Кузнецке и Томске и подчинялись непосредственно губернской канцелярии. В Енисейской провинции в ведении провинциальной канцелярии находились воеводы Красноярска и Мангазеи. Иркутской провинциальной канцелярии подчинялись воеводы Илимска, Нерчинска и Якутска, с 1745 года – Селенгинска. С начала 1730-х годов до 1775 года в Сибири должность провинциального воеводы существовала только в Енисейске139.
В присутствие воеводской канцелярии, которое первоначально составлял один воевода, в 1736 году был введен штаб-офицер «у подушного сбора», действовавший как помощник воеводы не только при взыскании налогов, но и при исполнении остальных обязанностей и зачастую выступавший как его заместитель. Управительская канцелярия возглавлялась управителем единолично.
Воеводские и управительские канцелярии делились на повытья, в которых работали приказные (канцелярские) служители. Канцеляристы, подканцеляристы, копиисты и писчики воеводских и управительских канцелярий назначались воеводой (управителем). Наблюдение за работой канцелярии осуществлял секретарь (или подьячий «с приписью»). К внеканцелярским служащим воеводских канцелярий относились команды рассылыщиков из 4–27 отставных солдат (по штатам от 19 октября 1732 года), наделявшихся вместо жалованья земельными участками, счетчики, а также солдаты действительной службы при офицерах «у подушного сбора».
В 30–50-х годах XVIII века Сибирский приказ мог ходатайствовать перед Сенатом об увеличении штатов местных органов власти. Сибирских губернаторов и вице-губернаторов (товарищей губернаторов) назначали императрица и Сенат, но Сибирский приказ мог входить в Сенат с предложениями по этому вопросу. Влиял Приказ и на условия службы чиновников в Сибири. 14 июля 1744 года Сенат после многочисленных просьб Сибирского приказа решил продлить срок пребывания сибирских воевод на должности с двух до трех лет в связи с тем, что «в Сибирской губернии городы находятся от Москвы в дальнем разстоянии, и ежели тем воеводам быть против прочих российских воевод по два года, то оные не столько будут у дел, как в проезде»140.
Анализ компетенций Сибирского приказа в кадровой политике показывает, что даже в начале 1730-х годов «по-прежнему возобновить» его влияние не удалось. Ограничение компетенции Приказа проявилось не только в вопросах кадровой политики. После восстановления Приказа горные и металлургические заводы Урала и Сибири остались в ведении Берг-коллегии, а с приобретением казной Колывано-Воскресенских заводов они перешли в ведение Кабинета. Ямская гоньба в Сибири была в компетенции Ямской канцелярии (позднее переименованной в Почтамт)141. Посольскими отношениями с сопредельными странами заведовала Коллегия иностранных дел, большую роль в них играл сибирский губернатор. Сибирский приказ совместно с Коммерц-коллегией, Коллегией иностранных дел и сибирскими губернаторами участвовал в решении только некоторых вопросов внешней торговли и пограничной таможенной политики, в особенности в организации китайского каравана