Учреждение фискалов, доходы которых зависели от количества и качества их доносов, вызывало повсеместное недовольство в России. С тем же отношением фискалы встречались и в Сибири. Сибирский провинциал-фискал И. И. Уваров жаловался князю М. П. Гагарину на то, что в городах Сибири коменданты препятствуют деятельности фискалов. Отношение сибиряков к этой должности ярко проявилось в деле о назначении енисейского фискала. Комендант Енисейска послал служилого К. Аксенова с доношениями к губернатору в Тобольск. От князя М. П. Гагарина казак привез запечатанный пакет с указами для коменданта. В пакете оказался указ о назначении К. Аксенова енисейским фискалом (назначение фискалов входило в полномочия губернатора). Все жалобы и просьбы Аксенова об освобождении его от позорных обязанностей оказались безответны69.

В итоге проведение губернской реформы привело к перестройке управления Сибири на бюрократических началах и по «иноземным» образцам. Властные полномочия Сибирского приказа перешли к губернатору, что привело к унификации управления краем в рамках всего российского государства. Сложилась иерархия местного управления из четырех звеньев, характерная для бюрократической организации: губерния – разряд (обер-комендантская провинция) – уезд – крестьянские остроги и слободы и ясашные волости. Важным этапом в становлении бюрократического управления стали замена принципа «породы» принципом «заслуги» при повышении по службе, введение жалованья за «должность», присяги «на верность государственной службе». Создание института фискалов стало проявлением бюрократического принципа недоверия «слугам» государства сверху донизу. В ходе реформы выросла численность аппарата управления: если в 1699 году в Сибири количество воевод и их «товарищей», дьяков и подьячих всех приказных изб составляло 153 чел., то в 1715 году насчитывалось уже 184 чиновника70.

Отсутствие должного контроля над деятельностью сибирского губернатора князя М. П. Гагарина в условиях бюрократизации государственного аппарата привело к усилению злоупотреблений со стороны местных чиновников. Доносителем о злоупотреблениях сибирского губернатора стал старый его «знакомец» московский фискал А. Я. Нестеров. В 1714 году он донес Петру I, что проведал «в подлинник» о незаконных махинациях князя М. П. Гагарина и его «приятелей». Несмотря на провал первого следствия, А. Я. Нестеров продолжал доносить царю о злоупотреблениях в Сибири. Указом от 9 декабря 1717 года Петр I поручил провести следствие новой «розыскной канцелярии» лейб-гвардии майора И. И. Дмитриева-Мамонова71.

В декабре 1717 года был арестован князь М. П. Гагарин, а затем «под караул» попали более двадцати сибирских администраторов. Широкомасштабный «розыск», в ходе которого проводились массовые опросы населения («повальные обыски») и применялись пытки (только М. П. Гагарина им подвергали трижды), выявил факты казнокрадства и насилия над населением.

По указу Петра I 14 марта 1721 года сенаторы заслушали дело князя М. П. Гагарина и «приговорили согласно» его «казнить смертью». Сибирский губернатор был обвинен в незаконной наживе на казенной торговле с Китаем, попытке кражи трех алмазных перстней и алмаза «в гнезде», принадлежавшего Великой княгине Екатерине Алексеевне, во взятках за отдачу на откуп винной и пивной продажи, присвоении казенных денег и товаров на тобольской таможне и т. д. Царь утвердил приговор – и князь М. П. Гагарин был публично повешен.

По указанию царя для европейцев пленным шведом Ф. Страленбергом и историком В. Н. Татищевым была создана легенда о том, что князь М. П. Гагарин пытался создать в Сибири независимое от России «королевство», за что и был так жестоко наказан Петром I. В XIX веке эта легенда получила широкое распространение среди сибирских краеведов. Однако никаких фактических данных для ее подтверждения не имеется. Напротив, сам Петр I оценивал дело князя М. П. Гагарина исключительно как яркий пример коррумпированности своей администрации. Так, именным указом от 17 апреля 1722 года самодержец «яко печатью, все уставы и регламенты» запечатал, «понеже ничто так ко управлению государства нужно есть, как крепкое хранение прав гражданских». В обоснование своего указа император, в частности, ссылался на «правила гагариновы»