За период с 1980 по 2000 год, который можно обозначить как второй этап в истории вопроса детской инвалидности, в результате проведенных регистрации и статистического учета детей-инвалидов отмечено, что уровень детской инвалидности в России увеличился более чем в 12 раз: с 53 тыс. детей-инвалидов до 16 лет в 1980 году до 678 тыс. детей-инвалидов до 18 лет в 2000 году. Это обусловлено в большей степени изданием Приказа Министерства здравоохранения РФ от 4 июля 1991 г. № 117, утвердившего медицинские показания к определению категории «ребенок-инвалид».

В целях упорядочения вопросов по освидетельствованию инвалидов, контроля за проведением реабилитационных мероприятий в Российской Федерации в системе органов социальной защиты населения стали создаваться и реорганизовываться из бывших бюро врачебно-трудовой экспертизы (ВТЭК) учреждения Государственной службы медико-социальной экспертизы (МСЭ) в соответствии с Федеральным законом «О социальной защите инвалидов в РФ» от 24 ноября 1995 г. № 183-ФЗ. Организация работы учреждений государственной службы МСЭ регламентировалась «Примерным положением об учреждении государственной службы МСЭ», утвержденным Постановлением Правительства РФ от 13 августа 1996 г. № 965. На основании этого документа стали создаваться педиатрические составы и смешанные бюро МСЭ, куда наряду с врачами – специалистами по медико-социальной экспертизе: терапевтами, хирургами, неврологами – вошли и специалисты-педиатры. С организацией в стране государственной службы медико-социальной экспертизы в 1996 году функция экспертного обслуживания детского населения из учреждений здравоохранения постепенно стала передаваться в новую службу. Однако реально началом формирования педиатрической службы МСЭ в Российской Федерации можно считать 1997 год, когда были организованы первые бюро данного профиля (Нижегородская, Омская, Орловская, Саратовская и другие области).

2000 год явился рубежным и знаковым – годом рождения педиатрической службы МСЭ, началом третьего исторического этапа в становлении и развитии социальной помощи детям-инвалидам. Это связано с несколькими обстоятельствами. Во-первых, именно в этом году сформировано основное количество педиатрических бюро МСЭ и освидетельствование детского населения передано из учреждений здравоохранения в службу социальной защиты в 80 % регионов (к 2002 году освидетельствование детского населения во всех 89 территориях проводилось в учреждениях социальной защиты населения). Во-вторых, с 2000 года изменены возраст и сроки определения категории «ребенок-инвалид» (с 1 января 2000 года категория «ребенок-инвалид» продлена с 16 до 18 лет согласно Федеральному закону РФ от 17 июля 1999 г. № 172; по Постановлению Правительства РФ от 26 октября 2000 г. № 820 сроки определения инвалидности детям изменены на один-два года и до достижения ими 18 лет), что существенно повлияло на статистические данные по учету детей-инвалидов. В-третъих, изменены критерии определения инвалидности детям в связи с отменой Приказа М3 РСФСР от 12 мая 2000 г. № 117. Определение инвалидности детям стало осуществляться согласно Классификациям и временным критериям, утвержденным Постановлением МТ и СР РФ и М3 РФ 1/30.

Принципиальное и существенное изменение законодательной базы по определению инвалидности детей, формирование новой педиатрической службы потребовало и организации подготовки кадров педиатров, неврологов, хирургов для бюро МСЭ. С этой целью в Санкт-Петербургском институте усовершенствования врачей-экспертов в 2000 году создан курс МСЭ и реабилитации детей-инвалидов для осуществления первичной подготовки и усовершенствования врачей – специалистов по МСЭ и реабилитации, работающих в системе социальной защиты населения и осуществляющих освидетельствование детского населения.