Другое расхождение во взглядах Самарина и Хомякова в эти годы заключалось в том, что роль науки рассматривалась основателем славянофильства как второстепенная по отношению к вопросам общественной жизни. Самарин, в свою очередь, считал, что наука должна быть в особом положении и не может находиться в зависимости от религии и политики. В своих рассуждениях о науке он подразумевал главным образом философию, а под философией – учение Гегеля. Вопросы религии тогда для Самарина являлись второстепенными. «Я думаю, что если наука существует как отдельная от искусства и религии сфера духа, то она должна быть сферою высшею, последним моментом развития идеи»[378].

«Православие, – писал он в одном из своих писем в 1842 году, – явится тем, чем оно может быть, и восторжествует только тогда, когда его оправдает наука, что вопрос о Церкви зависит от вопроса философского и что участь Церкви тесно, неразрывно связана с участью Гегеля. Это для меня совершенно ясно, и потому с полным сознанием отлагаю занятия богословские и приступаю к философии»[379]. При всем уважительном отношении к взглядам Гегеля Самарина не устраивала его философия религии. Он стремился дополнить ее собственными положениями, где раскрывалось своеобразное положение Православия по сравнению с католичеством и протестантизмом. Спор между ними нельзя разрешить, оставаясь в сфере религии, – по его мнению, он должен быть перенесен в область философского знания. Православие, согласно воззрениям Самарина, является верой, где нет односторонностей, характерных для других религий. Так, католицизм стремится к исключительности, являясь одновременно и наукой, и государством. Протестантизм, признавая свободу науки и государства, отрицает не только исключительность Церкви, но и Церковь в целом. Сознавая себя только Церковью, Православие не является ни наукой и ни государством. Таким образом, одним из главных доказательств истинности Православия является, по Самарину, невмешательство веры в дела науки и государства. Если эта взаимосвязь претерпит изменение, то преимущество Православия перед католицизмом и протестантизмом будет потеряно.

Решая религиозные вопросы, Самарин стремился остаться в пределах философского исследования, способного провести границу между разумом и верой. Религия в свою очередь должна быть признана вечноприсущим моментом в развитии духа, тогда как высшим моментом его развития является философия. В философии религии Самарин старался соответствовать основным положениям гегелевской диалектики, выделяя два нераздельных аспекта церковности: таинства и догматику. В Церкви, как в школе таинств, не допускается никакое развитие, изменяются только догматы. Формирование стройной системы догматов является свидетельством развития Церкви. Данная сторона церковности, хотя и проявилась позднее, однако по сравнению с таинствами занимает более значительное место, поэтому Вселенский собор является высшей ступенью в развитии Церкви. Это развитие должно быть постоянным. Из него необходимо исключить лишь элемент личного произвола.

Несмотря на результаты собственных философских исканий, Самарин понимал всю их неубедительность и неопределенность. Внутренняя борьба, которая происходила в нем, требовала ясности в ответах на поставленные вопросы. Выходом из этого кризиса стали для него идеи, которые были сформулированы Хомяковым. Один из главных вопросов касался необходимости примирения жизни и науки. Хомяков считал, что человек не может отступиться от требований науки и для всякого развития выводы науки необходимо принимать во внимание. При существующем раздвоении между наукой (анализом) и жизнью (синтезом) необходимо обратиться к анализу, ибо синтез сам себя проверить не может. От этой проверки зависит возможность примирения между наукой и жизнью.