Между боярами многие не любили правительницу; частью потому, что великий князь развелся со своей первою женой и женился на иноземке, частью же за предпочтение, которое она оказывала князю И. Ф. Овчине-Телепневу-Оболенскому.

Со смертью Елены в 1538 году открылось поприще боярским смутам. Власть захватил известный своей энергией князь В. В. Шуйский. Через шесть дней после кончины Елены Глинской схвачены были князь Овчина-Оболенский и сестра его, мамка великого князя, Челяднина. Выпущенный из тюрьмы князь Вельский по подозрению в желании подчинить себе великого князя был снова посажен в тюрьму. После смерти князя В. В. Шуйского брат его, князь Иван, низложил митрополита Даниила, расположенного к Вельскому.

Тяжело было правление Шуйских при малолетнем государе для Русской земли. Сам великий князь позднее в письме к Курбскому не добром поминает свое детство. Он рассказывает, что князь Иван Шуйский клал при нем ноги на постель отца, не давал ему вовремя еды, расхитил из казны сосуды и деньги. Князь Курбский рассказывает, что правители пренебрегали воспитанием великого князя, приучили его к жестокости. Позднее, когда Ивану Васильевичу было 15 лет (уже во время влияния Глинских), он скакал по улицам, давил людей, а «пестуны» дивились его мужеству. Заняться его воспитанием им было некогда: Шуйские, как потом и Глинские, думали только о своей корысти. Это развило в великом князе недоверие и даже презрение к людям, лишило его умения сдерживать свои порывы.

Царь Иван Грозный и иерей Сильвестр во время большого московского пожара 24 июня 1547 года. Художник Павел Плешанов. 1856

В 1540 году князь Иван Вельский был освобожден из тюрьмы и занял место Шуйского. При нем отдохнула земля: псковичам дана губная грамота, выпущен был из заточения двоюродный брат великого князя – Владимир Андреевич.

Власть Вельского была непродолжительна: в 1542 году Шуйский, вызванный своими приверженцами из Владимира (говорят, что в заговоре участвовало 300 человек), заточил Вельского, который вскоре был убит. Митрополита свергли и едва не убили. Митрополитом был поставлен знаменитый Макарий, бывший дотоле архиепископом в Новгороде. Этот ученый иерарх имел влияние на великого князя и развил в нем любознательность и книжную начитанность, которою так отличался впоследствии Иван IV Грозный.

Недолго правил князь Иван Шуйский. Скоро место его заняли его родственники, князья Иван и Андрей Михайловичи Шуйские и Федор Иванович Скопин. Прежние насилия продолжались: из государевых хором вытащили Воронцова, которого государь очень любил, били его по щекам и не умертвили только по просьбе великого князя, но сослали в Кострому. Один из клевретов Шуйских дошел до того, что, наступив на мантию митрополита, изодрал ее.

Новое появление Шуйских во власти ознаменовалось усилением власти наместников. Положение становилось невыносимым. Составился заговор, во главе которого встали родственники великого князя – Глинские. Заговор созревал долго; наконец, в декабре 1543 года, великий князь собрал бояр, объявил им, что знает, что многие участвовали в хищениях и неправдах, но теперь казнит только одного князя Андрея Шуйского, которого приказал схватить псарям. Собаки растерзали его. Но правления на себя Иван Васильевич не принял, а положился на Глинских и дьяка Захарова.

Новые властители занялись преследованием людей, им неприятных. В 1544 году князь Кубенский, приверженец Шуйских, был подвергнут опале, но потом помилован. В 1545 году был урезан язык Бутурлину и положена опала на Воронцова, бывшего любимца великого князя, против которого было то обстоятельство, что он желал сохранить свое влияние.