Недоумение москвичей по поводу этого отъезда продолжалось до 3 января 1565 года, когда митрополит Афанасий получил грамоту от царя, в которой, исчисляя вины бояр, начиная с его малолетства, он обвинял их в корыстолюбии, нерадении, измене. Государь объявлял, что, не желая терпеть измены, оставил свое государство и поехал поселиться, где Бог ему укажет. С тем вместе получена была грамота к православному населению града Москвы, в которой государь писал, что на них он гнева не имеет. Странное сообщение поразило всех. Духовенство, бояре и горожане в недоумении приступили к митрополиту с просьбами, чтобы он умолил царя; причем горожане указывали – просить царя, чтобы он государства не оставлял, а их на расхищение волков не давал, «наипаче от рук сильных избавлял». И те и другие равно выразили мысль, что изменников государь волен казнить как ему угодно. С этим полномочием поехала из Москвы депутация из разных чинов людей, во главе которой стоял Пимен, архиепископ Новгородский. Царь склонился на просьбу и объявил, что снова принимает власть, что будет казнить изменников. Он сказал, что из государства и двора выделяет себе часть, которую назвал опричниной. Вслед за тем последовало определение тех волостей, городов и московских улиц, которые взяты в опричнину.