Для решения данной задачи сначала даже разработали многоблочную компоновку трёх ступеней Н-1 с несущим каркасом и 30-ю подвесными баками, габариты которых допускали перевозку по железной дороге. Но также был оценен и моноблочный вариант. Оценка эта ожидаемо показала куда меньше гидравлических, пневматических и других коммуникаций, куда меньшую сухую массу и куда более высокую полезную нагрузку. Другими словами, все понимали, что желательно делать носитель с баками большого размера. Осталось придумать, как доставлять их на космодром.

Второй проблемой стал вопрос с двигателями. Стартовая масса ракеты – порядка 2000 тонн, тяга должна быть больше начальной массы ракеты, причём обычно она больше в полтора раза. Было понятно, что разработать силовую установку на 3000 тонн тяги практически невозможно. Следовал логический вывод: ракета станет многодвигательной. Количество определялось размерностью одного двигателя: на самом начальном этапе рассматривались варианты на 150, 300 и 600 тонн.

Но, как оказалось, куда большая проблема у проекта освоения космоса была вовсе не в технических характеристиках двигателей. Ещё во время обсуждения двигательной установки началась атака на все эти планы со стороны военных.

Руководитель РВСН, маршал артиллерии Митрофан Иванович Неделин, был одним из тех, кто всячески поддерживал космические начинания, и его подпись стояла под многими документами, как по лунным программам, так и по пилотируемым. Была его подпись и под документом с просьбой начать серьёзную работу над новыми ракетоносителями. 24 октября 1960 года он трагически погиб в катастрофе на Байконуре при подготовке к запуску новой баллистической ракеты Р-16 разработки Янгеля. Ещё на старте случайно включились двигатели второй ступени, и ракета взорвалась прямо на площадке, когда на ней работали люди, подготавливавшие пуск. В огне и от ожогов погибло почти восемьдесят человек.

Он погиб, а те, кто пришёл ему на смену, уже не так хорошо относились к практике использования ракет, разработанных по заказу МО, в мирных целях.

15 февраля 1961 году Козлову, Брежневу и Устинову уходит записка от маршалов Малиновского и Захарова, где они отмечают:

«В настоящее время сложилась такая обстановка, что ведущие КБ и НИИ промышленности и большое количество других ОКБ и НИИ, занятых разработкой комплексов баллистических ракет стратегического назначения, военных искусственных спутников и систем противоракетной обороны, задействованы по освоению космического пространства в научных целях.

В то время как важнейшие задачи оборонного значения по ракетостроению, в значительной мере, заброшены и решаются с отставанием от установленных сроков. Работы по созданию космических объектов в научных целях (объекты «Электрон», «Е-6», «Е-7», «2М», «2В») чрезвычайно сложны и требуют привлечения большого числа научных и конструкторских сил. Они отвлекают силы и средства от разработки боевых объектов. Пуски космических объектов требуют большого расхода «Р-7», боезапас которых ограничен.

<…>

На основании изложенного Министерство Обороны настоятельно просит пересмотреть план работ по освоению космоса в научных целях».

7 апреля уже Козлов, Брежнев и Устинов посылают в ЦК КПСС записку с предложением уменьшить расходы на научный космос, а сэкономленные деньги пустить на разработку ракет РТ-2, РТ-15, РТ-25 и других важных военных объектов.

И вот 13 мая, менее чем за две недели до речи Кеннеди, выходит постановление ЦК КПСС и Совета Министров СССР «О пересмотре планов по космических объектам в направлении выполнения задач оборонного значения». В нём закрывались проекты пилотируемого полёта к Марсу и Венере, работы по облёту Луны человеком призывалось ограничить пока эскизным проектом, а сроки создания Н-1 перенести на 1965 год. Также первый пуск «Е-6» был перенесён на 1962 год, а работа над станцией «Е-7» вообще прекращалась.