Тотчас же после заключения второго Парижского мира он стал начальником штаба при генерале от инфантерии Гнейзенау, получившем общее командование на Рейне. С большим удовлетворением он проводит теперь большую работу по организации военного дела во вновь отвоеванных провинциях.

В Нассау он находился в обществе Макса фон Шенкендорфа и барона фон Штейна. Правда, Гнейзенау уже в 1816 г. подал в отставку, глубоко недовольный интригами, которые при реформе армии мешали развитию сил и талантов. Напрасно Клаузевиц старался побудить своего начальника к терпению. Преемником Гнейзенау был генерал фон Гаке, с ним у начальника штаба не установилось доверительных отношений.

Осенью 1818 г. Клаузевиц получил чин генерал-майора и по предложению Гнейзенау был назначен директором Всеобщей военной школы в Берлине. Но эта должность, которую он занимал в течение 12 лет, не удовлетворяла его. Оставалась работа в комиссии под председательством полковника фон Лилиенштерна, где он со своими разнообразными планами реформ не мог добиться самостоятельной деятельности. При таких обстоятельствах он посвятил себя главным образом научной работе, положив основание своей литературной славе, которая позднее, когда он опубликовал свои остававшиеся до тех пор в тайне труды, стала его уделом. Его произведения, главным образом военно-исторического содержания, охватывают большинство важнейших войн в Европе за период 1568–1815 гг. Он изучил труды своих предшественников, относящиеся к 130 походам. Среди разнообразных его сочинений достойна упоминания также его политическая работа под заглавием «Интриги», написанная в 1819 г. В ней он подчеркивает ту мысль, что здоровое состояние его отечества может быть достигнуто только путем исторического развития. Он не был сторонником либерализма и совершенно отвергал современное ему немецкое национальное движение. Правда, он не был совершенным противником народного представительства, но думал, что государственный совет из доверенных лиц, назначенных королем, может работать более плодотворно, чем парламент. Этот предшественник Бисмарка говорил: «Германия только мечом может достигнуть политического единства, когда одно из составляющих ее государств подчинит себе другие. Однако время для этого еще не пришло».

Далее идут последние годы жизни Клаузевица. В августе 1830 г. он был призван на высокий командный пост: он стал инспектором 2-й артиллерийской инспекции в Бреславле, но затем в ноябре, когда было подавлено в Варшаве польское восстание, он был отозван в Берлин. Нужно было принять меры против событий, которые могли вызвать это восстание в Пруссии. Гнейзенау должен был командовать мобилизованным 5-м армейским корпусом, а Клаузевиц был назначен начальником его штаба. Три месяца он пробыл в Берлине, ожидая дальнейшего развития событий. В это время он изучает военное прошлое Польши и в связи с этим уделяет свое внимание положению западной Германии, которой после июльской революции снова угрожала опасность со стороны Франции. В одном из сочинений он рассматривает вопрос о том, как должна действовать Пруссия в качестве участника большого союза против Франции, в другом сочинении он говорит о том, какую политику она должна проводить, если ей придется взять на себя главную тяжесть войны с Францией. Он требует прежде всего наступления для завоевания Бельгии. В общем, он уже тогда в своих трудах, написанных простым и убедительным языком, разработал тот вопрос, в котором впоследствии показал себя таким мастером Мольтке.

В марте 1831 г. оканчивается его пребывание в Берлине, и он отправляется в Познань в штаб Гнейзенау. Что предстояло ему до начала осени? В Польше появилась холера. Она проникла в Познань, и в августе Гнейзенау пал ее жертвой.