В 1966 г. бугандийцы, недовольные ограничением прав короля со стороны премьера, потребовали отставки Оботе. Тот подавил мятеж военной силой. Причем большую помощь ему оказал Иди Амин, ставший к тому времени заместителем командующего армией. Премьер поставил преданного, как он полагал, человека во главе армии, но просчитался.

Примерно в 1968 г. Амин так организовал набор рекрутов в армию, что туда попали в основном его соплеменники каква. Испугавшись усиления соратника, Оботе попытался взять его под стражу. Но к тому времени у Амина уже была своя разведка, и он сумел избежать ареста. Были у него сторонники и среди военных специалистов Израиля, работавших в стране. Есть предположение, что именно они помогли Амину совершить переворот, хотя большую роль в этом сыграла и неосторожность Оботе.

В начале 1971 г., несмотря на предупреждения о готовящемся перевороте, премьер отправился на конференцию в Сингапур. Воспользовавшись этим, полковник 25 января объявил себя правителем страны. Оботе стал изгнанником, король тоже бежал за границу, где вскоре умер. Больше соперников у Амина не оставалось. По декрету от 2 февраля он стал диктатором с неограниченными полномочиями, верховным главнокомандующим, а спустя некоторое время объявил себя пожизненным президентом Уганды.

Так во главе страны оказался полуграмотный вояка. Но на подданных, которые ненавидели режим Оботе, Амин поначалу произвел прекрасное впечатление. Внешность нового президента импонировала африканцам, привыкшим видеть в лидере прежде всего воина-богатыря. Гигант двухметрового роста весом более 125 кг вполне соответствовал этим представлениям. Объявив себя еще и фельдмаршалом, Амин начал носить опереточную униформу, что тоже вполне отвечало вкусам соплеменников.

Кроме того, чтобы заручиться поддержкой населения, Амин выпустил из тюрем всех политических заключенных и объявил себя спасителем короля, якобы предупрежденного им о перевороте. Тело Монтесе было возвращено на родину. На перезахоронении Амин выступил с трогательной речью, в которой напомнил слова короля о том, что когда-нибудь он вернется на родину. Это обеспечило ему поддержку племени буганда, чье влияние нельзя было сбрасывать со счетов.

Привыкший опираться на армию, Амин уже на первом заседании правительства присвоил всем министрам военные звания и приказал носить мундиры. Каждый из них получил по казенному «мерседесу» с надписью на дверцах «Военное правительство».

Однако бежавшие в Танзанию военные части, сохранившие верность Оботе, в сентябре 1971 г. попытались свергнуть тирана. Их было всего несколько тысяч, и Амин без труда расправился с восставшими. Двенадцать человек, возглавлявшие мятеж, были казнены. Перед расстрелом их раздевали донага, а кому-то даже выкололи глаза.

Этот случай послужил прекрасным поводом для развертывания репрессий внутри страны. Уже в 1972 г., пока втайне от населения, начался жестокий террор, на первых порах направленный против единоплеменников Оботе – народа ланги. Сразу же было уничтожено 70 офицеров, оказавших сопротивление во время переворота. Бывшему начальнику штаба Сулейману Хуссейну отрубили голову. Бежавший из дворца охранник рассказывал, что этот «трофей» Амин поместил в холодильник и временами вел с головой «беседы». А однажды во время приема к ужасу окружающих президент велел внести голову в пиршественный зал, начал плевать в нее и швырять ножами, всячески ругая покойного.

Уничтожение командного состава армии этим не ограничилось. Амин боялся нового переворота и был крайне подозрителен. Уже через три месяца число жертв режима превысило 10 тыс. Часть офицеров, попавших под подозрение, вызвали на учения по внутренней безопасности в тюрьму Макиенде. Там их заперли в камерах и закололи штыками. Штабных офицеров собрали в зале якобы для того, чтобы послушать лекцию президента, и забросали там гранатами. Официально всех объявили предателями и сообщили, что их расстреляли после суда. Потом Амин развязал геноцид против военных из враждебных ему племен ачоли и ланги. В армии их насчитывалось примерно 5 тысяч. Вскоре 4 тысячи из них были уничтожены. Но пострадали и гражданские лица. Действовал приказ Амина уничтожать всех, чья фамилия начинается на «О». Это означало принадлежность к народу Оботе. Трупы скармливали крокодилам, жившим в специальном садке.