В это время Дарнли, который как будто бы что-то предчувствовал, уехал в свой родовой замок, где перенес оспу. Мария поехала за ним и уговорила вернуться в Холируд – она сама заманила его в ловушку. Но Дарнли отвезли не в королевский замок, а поместили в небольшом одиноко стоящем доме за городской стеной Эдинбурга, так как якобы опасались распространения оспы. Мария часто навещала мужа. 9 февраля она как обычно появилась в домике, но вскоре ушла, так как спешила в замок на свадьбу слуг. А в два часа ночи страшный взрыв разнес в щепки дом, где находился король и его слуги. Их трупы нашли в саду; поговаривали, что их задушили.

Поведение королевы после смерти мужа многим казалось странным. Она не соблюдала траура и ничего не сделала, чтобы разыскать и наказать виновных. Правда, тем, кто назовет имена убийц, была обещана награда в две тысячи шотландских фунтов. Однако желающие так и не объявились, а на рыночной площади появились афишки, где убийцей называли Босвела и его слуг. Тем не менее Мария приняла его в замке лорда Сентона, куда вместо приличного для нее уединения отправилась погостить.

Теперь даже Папа Римский, ее всегдашний покровитель, гневно обличал королеву. Елизавета настойчиво советовала ей не бояться задеть тех, кто ей близок, но виновен, то есть Босвела. Однако Мария потеряла всякую осторожность. Тогда отец Дарнли, граф Ленокс, потребовал ареста Босвела. Королеве пришлось дать согласие на суд над дорогим ей человеком. Однако Босвел не растерялся. В его руках была армия. Он явился в зал заседаний с мечом на боку и в окружении вооруженного отряда. Граф Ленокс, опасаясь за свою жизнь, на суд не явился, а судьи по той же причине вынесли обвиняемому оправдательный приговор.

Елизавета направила Марии второе письмо. Она писала: «Даже если бы Вы не ведали за собой вины, однако такого попустительства было бы достаточно, чтобы Вас лишили королевского сана и отдали на поругание черни. Но чем быть подвергнутой такому бесчестию, я бы пожелала Вам честно умереть».

Однако вопреки здравому смыслу Мария решила обвенчаться с Босвелом. К тому времени его брак был расторгнут. Предлогом послужило близкое родство супругов. Мария понимала, что такой мезальянс вызовет страшное возмущение в королевских домах Европы. Она рисковала стать изгоем. Тогда Босвел придумал план. Он должен был инсценировать похищение королевы. В таком случае ее честь могла быть восстановлена только заключением брака с похитителем. 21 апреля 1567 года план был приведен в исполнение. И уже 15 мая королева тайком обвенчалась с любовником по протестантскому обряду.

Однако расчеты Марии и Босвела не оправдались. Ни в Европе, ни в Шотландии никто не верил в похищение. Все были уверены в том, что оно было совершено с согласия королевы. Елизавета перестала отвечать на письма Марии. Не было известий и из Франции. Чувствовалось осуждение и со стороны придворных.

Результатом опрометчивого поведения шотландской королевы стал мятеж шотландских лордов. Их войско захватило Эдинбург и двинулась на крепость Бортуик, где в это время Мария и Босвел пытались переждать бурю. Силы были слишком не равными. Королеве поставили условие: она должна отказаться от брака с Босвелом и вместе с войском лордов вернуться в Эдинбург. Ей пришлось согласиться, а Босвел вынужден был спасаться бегством.

Королеву везли в столицу в окружении солдат, что само по себе было для нее унижением. Потом ее заключили в замок Лохливен, который находился посреди озера и был отрезан от суши. Под угрозой обвинения в убийстве Дарнли Марию заставили отречься от престола в пользу Иакова. Регентом при малолетнем короле стал Меррей.