В 1910 году Воробьев был приглашен для чтения лекций по анатомии в женском медицинском институте Харьковского медицинского общества. В следующем году он подал документы на конкурс на замещение должности профессора кафедры анатомии в Юрьевском университете. Баллотировка закончилась убедительной победой харьковского медика, которого сторонники его кандидатуры считали безусловно наиболее даровитым из всех кандидатов. Но Министерство просвещения не утвердило результатов конкурса и назначило профессором местного, юрьевского доктора, против которого проголосовали его же коллеги по университету. В 1913 году при еще более загадочных обстоятельствах, возмутивших многих докторов по всей России, Воробьев не получил аналогичной должности в Варшаве. Возможно, решающую роль сыграло письмо бывшего завкафедрой анатомии Харьковского университета Кульчицкого, в котором он, вроде бы хваля своего бывшего подчиненного, отмечал вскользь его «преувеличенное о себе понятие и порядочный запас дерзости к себе равным при несомненной почтительности к старшим». Кроме того, Кульчицкий писал, что Воробьев, конечно, «прекрасный анатом, чрезвычайно умелый техник… со студентами требователен, как преподаватель исполнителен и усерден. Немножко интриган. У него были грехи в прошлом. Он принадлежал к освободителям в 1905 году, но давно с этим покончил, так как никаких политических убеждений не имеет, хотя и говорит об них когда-нибудь».

Свое право на некоторую исключительность Владимир Петрович доказывал не только в прениях, но и неустанной кропотливой работой в препараторской, анатомическом музее, в библиотеке… Однако напряженная работа на «нескольких фронтах» была явно неадекватна финансовой отдаче. Возможно, это было одной из причин ухудшения отношений с женой. Впрочем, главным стало другое трагическое событие. Летом 1914 года семья Воробьевых отдыхала на даче в Кочетке (сейчас Зачепиловский район Харьковской области). Весть о начале войны заставила Владимира Петровича срочно отбыть в Харьков. После его отъезда неожиданно заболел Юрий. Александре Владимировне не удалось вовремя найти квалифицированного врача, и сын умер. Владимира Петровича рядом не оказалось, он вообще ничего не знал ни о болезни, ни о кончине ребенка. Жена, охваченная горем и обидой на мужа, собрала вещи, взяла с собой дочь и уехала к родственникам в Москву. Воробьев узнал обо всем с большим опозданием, и вернуть жену ему уже не удалось.

Во время войны Воробьев возглавлял санитарный отряд студентов. В 1916 году, наконец-то, ему было присвоено профессорское звание в женском медицинском институте «без прав по государственной службе и без пенсии», а в марте 1917 года революция вручила Воробьеву ту должность, которую он заслужил давным-давно, – заведующего кафедрой нормальной анатомии на медицинском факультете университета. Лекции профессора всегда вызывали огромный интерес, он читал их, не заглядывая в бумаги, постоянно вводил в курс новейшие данные науки, использовал большое количество лично изготовленных наглядных пособий, на экзаменах был требователен, но справедлив. Несколько раз студенты преподносили ему букеты со вложенными записками «За печень», «За сердце» и т. д.

Обеспечивать непрерывность научного и образовательного процесса, в то время как город переходил из рук в руки, было очень тяжело. Пришлось приспосабливаться к новым условиям. Так, например, Воробьев с коллегами основали Артель врачей и художников-специалистов, производившую муляжи органов человеческого тела для Главного военно-санитарного управления Временного рабоче-крестьянского правительства Украины. Макеты предназначались для пропаганды здорового образа жизни и ликвидации безграмотности населения в области знаний о человеке. Естественно, это было способом заработать какие-то деньги. Но все-таки профессор не смог справиться со всеми сложностями войны. Судя по всему, Воробьеву надоели постоянные вооруженные столкновения, террор со всех сторон, угрозы расправы реакционеров во времена правления Деникина… Владимир Петрович в декабре 1919 года поехал к родным в Одессу, а через месяц эмигрировал с семьей Рашеевых в Болгарию. В Софийском университете медицинский факультет открылся лишь за два года до прибытия харьковского ученого, и в становлении высшей медицинской школы Болгарии огромную роль сыграли как раз эмигранты из России.