Архитектор стал прорабом. Так он и совмещал эти должности всю свою жизнь. В 1893 году Коммерческое училище было, наконец, достроено. Оно стало настоящим украшением Немецкой улицы (теперь Пушкинская) и всего Харькова. Сейчас в этом здании находится Национальная юридическая академия им. Ярослава Мудрого.

По уставу Петербургской академии художеств, после трехлетней практики архитектор мог взять тему проекта для получения научной степени академика архитектуры. Алексей Николаевич выбрал тему «Библиотека на полтора миллиона томов с галереей выдающихся людей и нумизматическим залом». В 1894 году проект был представлен комиссии, получил отличную оценку, что принесло Бекетову звание академика архитектуры и, соответственно, действительное членство в Академии художеств.

Тем временем в Харькове появились новые заказы. Быстро развивающиеся капиталистические отношения не обошли стороной крупный украинский город. Географическое расположение Харькова, торговые традиции, заработанное университетскими, театральными, литературными поколениями положение культурного и научного центра открывали перед городом большие перспективы в новом мире. Уже по всей Украине был известен предприниматель и меценат Алексей Кириллович Алчевский. Фундаментом его бизнеса стала деятельность финансовая. Харьков нуждался в современных банковских сооружениях, работать с деньгами надо было в новых помещениях. Эта задача и стала перед самым многообещающим и модным харьковским зодчим. Тем более что с семьей Алчевских его семья была очень близка. Одну из дочерей Алексея Алчевского – Анну – Алексей Бекетов даже взял в жены. Анна Алексеевна имела с мужем общие интересы, она была художницей. Бекетов и сам был неплохим пейзажистом, регулярно участвовал в выставках.

Итак, Бекетову была поставлена задача построить новое здание Земельного банка. Знания о строительстве банков Бекетов решил получить за границей. Он побывал во Франции, Италии, Германии, там освоил специфику размещения операционных залов, рабочих помещений, сейфов и в результате разработал полностью оригинальный проект. Сейчас в здании бывшего Харьковского земельного банка на площади Конституции (ранее Николаевская) находится автотранспортный техникум. В 1899 году на той же площади Бекетовым был возведен дом Торгового банка (сейчас Дом техники) и в 1907 году – здание Волжско-Камского коммерческого банка (ныне Театр кукол).

Много времени, сил и таланта Алексей Бекетов вложил в сооружение здания Харьковских судебных установлений на нынешней площади Руднева. Здание было спроектировано и построено при участии архитекторов Цауне и Хрусталева. Проект был составлен еще в 1898 году, но само здание было открыто для посетителей лишь через четыре года. Во время этой работы Бекетову пришлось в полной мере применить все свои разносторонние знания и умения, столь необходимые зодчему. Архитектор должен ведь не только «нарисовать» внешний вид дома, но и спроектировать внутренние помещения в зависимости от их функционального назначения, заняться интерьером и иногда, как в случае с данным домом, мебелью. Кроме того, архитектор обязан хорошо разбираться в материаловедении, геодезии, геологии, экологии. Так, на площади, предназначенной для воплощения проекта трех архитекторов, пришлось применить дренаж по всему периметру площади, поскольку в этом месте строение оказывалось на одном уровне с уровнем воды.

Здание судебных установлений было построено в классическом стиле. Русский классицизм – излюбленный стиль Алексей Бекетова, впрочем, в нем он не был догматиком и смело использовал элементы других архитектурных направлений – как новых, так и хорошо забытых старых; лично руководя строительством, он применял передовые достижения строительной техники. Здания Бекетова отличают строгие композиционные замыслы, но и частое применение декоративных мотивов античности, Возрождения, барокко, классицизма, модерна и даже ориенталистических элементов. Специалисты отмечают у Алексея Николаевича прекрасное чувство ансамбля, масштабности и пропорций, отменный художественный вкус.