Даже женившись 26 июня 1739 года на девушке, ожидавшей его пять лет, и став в 1739 году первым президентом Шведской академии наук, он не оставил медицину. В 1741 году Линней был назначен профессором на освободившуюся кафедру анатомии и медицины в Упсальском университете, по протекции его покровителя маршала и графа Тессина. Через год свершилась его заветная мечта: он перешел на кафедру ботаники. Линней трудился на этой кафедре больше тридцати лет, до самой смерти. В 1759 году его избирают ректором университета. Небезынтересно, что Линнею принадлежит первое (1749 г.) описание афазии, а сам термин предложил в 1864 г. французский терапевт Арман Труссо, возглавлявший одно время клинику Отель-Дьё.

В период 1749–1763 годов. выходит его трехтомник «Лекарственные вещества». В 1763 году он издает «Роды болезней», а в 1766 году – «Ключ к медицине».

Короли Адольф-Фридрих и Густав III дорожили Линнеем как славой страны и осыпали его знаками своего внимания. В 1757 году ему было пожаловано дворянство. В 1753 году он купил себе около Упсалы небольшое имение Гаммарба, где и проводил лето в последние 15 лет своей жизни. Иностранцы, приезжавшие заниматься под его руководством, нанимали себе квартиры в соседней деревеньке. В своем имении Линней выстроил особый домик для своих естественно-исторических коллекций.

Карл фон Линней изменил шкалу на градуснике шведского астронома Андерса Цельсия, который родился в Упсале в 1701 году и уже в 29 лет стал профессором Упсальского университета. Цельсий исследовал северное сияние, спутники Юпитера, скорости изменения силы света и температуры. Его избрали в Королевскую академию в Стокгольме. И в Берлинскую академию, и в Лондонское Королевское общество. Ему не понравилось, что температура кипения в градуснике французского зоолога и металлурга Рене Реомюра «играет» из-за высоты, на которой кипит вода. И тогда Цельсий придумал свой градусник. «Градусник-наоборот» – кипение = 0°, замерзание – 100°. Линнею это показалось неудобным, и он сделал все наоборот. Так что современная шкала на градуснике – это шкала Линнея, а не Цельсия.

Карл фон Линней – мужчина невысокого роста, крепкого телосложения, несколько сутуловатый. В молодости он отличался блестящей памятью и сохранил ее приблизительно до пятидесяти лет. Далее у него возникли проблемы с памятью. Линней особенно охотно любил перечитывать свои произведения, очень ими восторгался и никак не мог поверить, что все они написаны им. Увлекаясь чтением собственных книг, он восклицал: «Как это хорошо написано! Как бы хотел я быть автором подобных произведений».

Положение ухудшилось в 1774 году после апоплексического удара. Произошло это печальное событие во время лекции, которую он читал в ботаническом саду. Он с трудом оправился и еще несколько лет читал лекции. Второй удар, более жестокий, поставил точку в его научных занятиях. Он не покидал постели, его одевали и кормили. У него отнялись язык и память и наступил упадок психической деятельности. Разбитый параличом, Линней часто находился в сумеречном состоянии. При этом, когда его подносили к гербарию, который он прежде особенно любил, впавший в беспамятство Линней, приходил в себя. Смерть наступила 10 января 1778 года, на семьдесят первом году жизни.

Алчная вдова Линнея, безграмотная, сварливая женщина, продала наиценнейшую коллекцию мужа в Англию, опасаясь, что Шведская академия заплатит меньше. Король Швеции Густав был вне себя от переполнявшего его гнева: покинуло страну национальное достояние. Он даже послал военный корабль, чтобы задержать вывозимые ценности, но было поздно.