В лекарствоведении Парацельс развил новое для своего времени представление о дозировке лекарств: «Все есть яд и ничто не лишает ядовитости. Одна только доза делает яд незаметным». Парацельс использовал минеральные источники для лечебных целей. Он утверждал, что универсального средства от всех болезней не существует, и указывал на необходимость поисков специфических средств против отдельных болезней (например, ртуть против сифилиса). Он указывал, что сифилис (называемый «французской болезнью») иногда осложняется параличами. Взгляды Парацельса не оказали никакого влияния на развитие неврологии, хотя он пытался изучить причины возникновения контрактур и параличей и разработать их терапию. Он лечил золотой микстурой (состав ее неизвестен) параличи, эпилепсию, обмороки. Эпилепсию он лечил также окисью цинка. Минеральными источниками он лечил люмбаго и ишиас.

Новаторство Парацельса проявилось в создании химической теории функций организма. Все болезни, считал он, происходят от расстройства химических процессов, поэтому наибольшую пользу при лечении могут оказать только те лекарства, которые изготовлены химическим путем. Он впервые широко использовал для лечения химические элементы: сурьму, свинец, ртуть и золото. Стоит сказать, что последователь Парацельса Андреас Либавий (1540–1616), немецкий химик и врач, был против крайностей ятрохимического учения Парацельса. В своей книге «Алхимия» (1595 г.) он систематически изложил известные в то время сведения по химии; впервые описал способ получения серной кислоты путем сжигания серы в присутствии селитры, первым дал способ получения четыреххлористого олова.

«Теория врача – это опыт. Никто не станет врачом без знаний и опыта», – утверждал Парацельс и зло высмеивал тех, кто «всю жизнь сидит за печкой, книгами себя окружив, и плавает на одном корабле – корабле дураков». Парацельс отвергал учения древних о четырех соках человеческого тела и считал, что процессы, происходящие в организме, являются процессами химическими. Он сторонился коллег, называя их мокротниками (гумористами), и не соглашался с предписаниями аптекарей. Парацельс выговаривал врачам в присущей ему вызывающей манере: «Вы, изучавшие Гиппократа, Галена, Авиценну, воображаете, что знаете все, тогда как в сущности ничего не знаете; вы прописываете лекарства, но не знаете, как их приготовить! Одна химия может решить задачи физиологии, патологии, терапевтики; вне химии вы бродите в потемках. Вы, врачи всего мира, итальянцы, французы, греки, сарматы, арабы, евреи – все должны следовать за мной, а я не должен следовать за вами. Если вы не пристанете чистосердечно к моему знамени, то не стоите даже быть местом испражнения для собак».

Воинственный Парацельс в знак презрения к прошлому медицины и недоверия к господствовавшим воззрениям прибег к символическому акту: 27 июня 1527 года перед Базельским университетом он сжег произведения Гиппократа, Галена и Авиценны. Вынужденный покинуть Базель, Парацельс ушел, сопровождаемый толпой учеников, считавших, что их кумир владеет философским камнем (Lapis philosophorum). Этому магическому сердцу алхимии приписывали, кроме способности превращения металлов в золото, еще и целебную силу, способность излечивать все болезни. «Красный лев», «магистериум», «великий эликсир», «панацея жизни», «красная тинктура» и прочие титулы, коими нарекли «философский камень» в темных алхимических манускриптах, – нечто большее, чем абсолютный катализатор. Ему приписывались чудесные свойства, сравнимые разве что с проявлением божественной мощи.