Всего через год, в мае – июне 1857 г., святитель Иннокентий совершил 17-суточное плавание по Амуру, результатом которого стала записка «Нечто об Амуре», обосновавшая целесообразность восстановления суверенитета России над левобережьем Приамурья, утраченного по Нерчинскому договору 1689 г. 16 (28) мая 1858 г. в Айгуне генерал-губернатор Восточной Сибири граф Н. Н. Муравьев подписал с маньчжурскими представителями Китайской империи Цин мирный договор, установивший границы России с Китаем, не изменявшиеся вплоть до 2005 г. В память об этом знаменательном событии граф получил право именоваться Муравьевым-Амурским. Поскольку в тот год была в разгаре Вторая опиумная война (1856–1860 гг.), а в самом Китае бушевала гражданская война тайпинов, ряд современных китайских политиков и ученых объявили Айгунский мирный договор неравноправным и пока безуспешно требуют теперь вернуть левобережье Амура китайцам.

Как бы там ни было, через год после крымской катастрофы Иннокентий поспособствовал включению в состав России и Сибири огромной территории. 5 июля 1858 г. император Александр II подписал указ об основании города Благовещенска, названного так в честь святителя Иннокентия, начинавшего свое священническое служение в иркутской церкви Благовещения. С февраля 1860 г. кафедра архиепископа Камчатского, Курильского и Алеутского была переведена в Благовещенск.

Поражение Российской империи в Крымской войне вынудило царизм отказаться от дорогой сердцу святителя Иннокентия Заокеанской Сибири – от Аляски и тихоокеанских островов[4]. В марте – мае 1867 г. в Вашингтоне и Санкт-Петербурге состоялось подписание договора о купле-продаже (но не об аренде) названных территорий общей площадью в 1 млн 519 тыс. км^>2. По столице ходили слухи, будто архиепископ пребывает в отчаянии от утраты с таким трудом взлелеянной им паствы. Неожиданно обер-прокурор Святейшего Синода граф Д. А. Толстой получил от Иннокентия письмо из Благовещенска, в котором, в частности, говорилось: «До меня дошел из Москвы слух, будто я в письме кому-то выразил свое большое неудовольствие относительно продажи наших колоний в Северной Америке американцам. Это совершенно неверно. Напротив, усматриваю в этом событии один из промыслительных путей, посредством которых Православие сможет проникнуть в Соединенные Штаты, где оно уже стало привлекать к себе серьезное внимание». Далее были изложены основные принципы организации Русской церкви за рубежом, на которых она существует и в наши дни. Так вновь был дан потомкам урок диалектического понимания истории.

Заботами Иннокентия в 1870 г. была учреждена первая в истории РПЦ самостоятельная епархия за рубежом – Аляскинская и Алеутская. С 1872 г. резиденция епархии (кафедра) находится в Сан-Франциско. По принципам ее организации были учреждены подобные структурные единицы РПЦ в ряде других государств. В XIX в. никому в голову не могло прийти, что почти через сто лет, в годы хрущевских гонений на церковь[5] (октябрь 1958 – октябрь 1964 г.), именно на базе задуманных Иннокентием зарубежных епархий РПЦ трудами и хитростями митрополита Никодима (Ротова) наша церковь будет спасена от разорения и гибели.

В год продажи Заокеанской Сибири, а именно 19 ноября 1867 г., скончался митрополит Московский Филарет. 5 января 1868 г. архиепископ Иннокентий был поставлен на митрополичью кафедру и стал высшим духовным лицом Русской православной церкви. Он занимал этот пост 11 лет, до своей кончины в 1879 г.