Полный текст Студийского устава дошел до нас лишь в материалах конца X в., до этого возможно существовавший в разрозненных записях.

Но главной отличительной чертой монашеского служения при Феодоре стала активная интеллектуальная деятельность обители, которая разнесла славу монастыря далеко по православному миру. Святой игумен благословлял способных монахов на изучение мирской литературы, философии и богословия, организовывал обучение живописи и каллиграфии, церковного пения и гимно-графии. Он сам многократно переписывал рукописи, подавая этим наглядный пример. Подобные занятия были настолько важны в его глазах, что переписчики часто освобождались от богослужений. Из монастыря происходит и сохранившаяся знаменитая иллюстрированная Хлудовская псалтырь. А сочинённые монахами песнопения до сих пор в ходу во многих православных странах. При монастыре существовала также и школа для детей, и лечебница для бедняков.

Влияние монастыря было огромно. Показательно, что три студийских монаха стали патриархами, а три императора (Михаил V, Михаил VII и Исаак I) облеклись здесь в монашескую рясу. Сыграл монастырь не последнюю роль и в пагубном разделении единой церкви в 1054 г., благодаря яростным обличениям латинян студийским монахом Никитой Стифатом, будоражившим жителей столицы.

Примерно в течение трех столетий, с начала X в. до захвата Костантинополя крестоносцами в 1204 г., в монастыре хранилась одна из главных святынь столицы – святая глава Иоанна Предтечи. Среди святых реликвий обители, хранившихся в храме во имя пророка Крестителя, пребывали: затылочная кость черепа Предтечи, его зуб, глава его отца Захарии и его десница, мощи святых Феодора и его брата Иосифа, епископа Салоник, а также целительные мощи их дяди святого Платона. В разные периоды здесь также упоминаются хранившиеся мощи патриарха Евфимия, святого Саввы и святой Симониды, а также и драгоценное миро святого Димитрия из Салоник.

Владения монастыря были огромны, простираясь на многие десятки гектаров земли. Имелись обширные виноградники и сады, лежащие вдоль главной улицы от Золотых Ворот и морскими стенами города.

Латинская оккупация нанесла непоправимый вред монастырю, лишив его многих святынь. Пропала часть главы Иоанна Предтечи, возможно, вывезенная во французский Амьен. Монашеская братия надолго покидает обитель, не захотев служить по новым латинским правилам. Лишь только после восстановления Византийской империи Константин Палеолог, брат базилевса Андроника II, восстанавливает монастырь в 1293 г. в прежнем виде, окружая его мощными крепостными стенами.

Его главный храм во имя Иоанна Крестителя вновь заблистает былым благолепием. Церковь была воздвигнута в виде трехнефной базилики с окружающими галереями. Перед храмом располагался просторный внутренний двор атриум. Центральный неф храма был отделен от боковых двумя рядами колонн зеленого мрамора. Над боковыми нефами располагались галереи, предназначавшиеся для мирян, в то время как монахи молились на основном пространстве. В храме было семь алтарей и часовня Пресвятой Богородицы, украшенная роскошными мозаиками. Великолепными мозаиками блистал весь храм, а величественные изображения Христа и Богоматери, в окружении херувимов и серафимов, на золотом фоне взирали с апсиды. В литературе упоминается и огромное панно Тайной Вечери в монастырской трапезной, где был установлен большой мраморный стол.

На юге от церкви располагалась цистерна, обеспечивавшая насельников запасами воды.

Монастырь подвергся жестокому разрушению при взятии Константинополя турками. Братия рассеялась, а монастырь стал собственностью конюшего султана, который превратил главную церковь в мечеть. Отсюда ее турецкое название Имрахор – «мечеть конюшего», которая она носит до настоящего времени.