В период правления Ивана Грозного в Кремле формируются приказы – органы центрального управления. Здания приказов расположились на Ивановской площади Кремля, что придало ей значение делового и административного центра страны. Главным среди них был Посольский приказ, ведавший вопросами внешней политики и следивший за соблюдением посольского обряда. Кроме того, появились приказы, ведавшие сложным дворцовым хозяйством, хранилищами и мастерскими. Они располагались в каменных палатах на территории Государева двора. Первое летописное свидетельство об основных царских хранилищах датируется 1547 годом. В рассказе о случившемся тогда в Кремле страшном пожаре летописец перечисляет Казенный двор с царской казной, Оружейную палату, Постельную палату с казной и царские конюшни.

Утверждение царской власти шло параллельно с укреплением позиций Русской православной церкви. В 1448 году впервые митрополит Иона был избран в Кремле на соборе русских епископов без санкции Константинополя. Тем самым русская церковь обрела самостоятельность (автокефалию).

В 1589 году, во время правления сына Ивана Грозного царя Федора Иоанновича, в России было учреждено патриаршество. Первым русским патриархом стал Иов. К нему перешли древние владения митрополитов в Кремле, территория которых была значительно увеличена и застроена новыми каменными палатами и церквами. Двор главы русской церкви стал вторым по значению в Московском Кремле, что соответствовало положению двух «избранных богом» правителей России – царя и патриарха.

В недолгие годы царствования Бориса Годунова особое место среди задач его внутренней политики было отведено развитию и строительству русских городов. Эти усилия принесли определенные результаты, о чем можно судить по самым ранним планам Москвы и Кремля, которые относятся ко времени правления Бориса Годунова.

Началом 1600-х годов датируется «Кремленаград» – удивительный по красоте и точности изображения план Кремля. Он показывает, как улицы Москвы, пройдя через Спасские, Никольские, Троицкие ворота Кремля, продолжают свое движение к его центру, где вливаются в Соборную и Ивановскую площади. План передает характерные черты кремлевских дворов – их замкнутый характер, расположение всех входов в здания со стороны двора, выделение его парадной и хозяйственной половин.

Неизвестный автор явно любуется разнообразием и выразительностью архитектурных форм. Интересно, что в поле его зрения вошли только каменные сооружения и что, при всей достоверности, он слегка акцентирует здания, возведенные царем Борисом. Обширностью и уникальностью каменных строений привлекает внимание Цареборисов двор, где жил Годунов до его избрания на царство. На территории Государева двора, который к этому времени занял всю юго-западную часть Кремля, хорошо виден Запасной дворец, построенный при Борисе Годунове. Он выстроен в форме очень значительного по размеру каре, южная сторона которого поставлена на высокий цокольный этаж, выполняющий одновременно роль мощной подпорной стены крутого холма. На «царицыной половине» двора отмечена Золотая палата, возведенная для царицы Ирины, сестры Бориса Годунова. На Ивановской площади расположились каменные здания приказов, также возведенные при царе Борисе. «Кремленаград» не дает возможности рассмотреть их архитектурные формы, но в альбоме шведского инженера Э. Пальмквиста, приезжавшего вместе с королевским посольством в Москву в 1674 году, дважды воспроизведен Посольский приказ. Видимо, это светское здание конца XVI века, построенное в стилистических традициях возрождения, казалось автору одним из наиболее выразительных в Кремле.