Прошли годы, ушли из жизни те, кто способствовал сохранению уникального достояния народа, но сотрудники Музеев Московского Кремля всегда будут с благодарностью помнить своих предшественников, на долю которых выпали суровые испытания.

В начале 1947 года музей вновь теряет свою административную самостоятельность. Оружейная палата и музеи-соборы под названием Отдел сохранения исторических ценностей и памятников Московского Кремля становятся одним из структурных подразделений Комендатуры Московского Кремля. Упраздняется должность директора. Н.Н.Захаров переводится на должность заведующего этим отделом. Музей полностью лишался самостоятельного финансирования, делопроизводства, возможности формировать кадровый состав. Решение вопросов учета, хранения, реставрации, экспонирования требовало санкции руководителей Комендатуры, весьма далеких от музейного дела.

После 1953 года начинает меняться общественно-политическая ситуация в стране. Судьба кремлевского музея была теснейшим образом связана с этими изменениями. В 1954 году начинается подготовка к открытию Кремля для свободного доступа посетителей. Летом 1955 года Московский Кремль принял первых экскурсантов. С этого времени начинается процесс возрождения музея.

В 1954 году был издан сборник научных трудов «Государственная Оружейная палата Московского Кремля» под редакцией С.К. Богоявленского и Г.А. Новицкого. Опубликованные в нем статьи научного сотрудника палаты Н.В. Гордеева и бывших ее сотрудников, уволенных в годы репрессий М.М. Постниковой-Лосевой, Т.Г. Гольдберг и др., имели огромное значение для изучения основных коллекций музея и не утратили своей научной актуальности поныне.

В середине 1950-х годов создаются новые экспозиции в Оружейной палате и соборах Кремля, разрабатываются методики экскурсоведения. Значительно увеличивается штат музея. Все это подготовило новое, коренное изменение в развитии музея, которое произошло в апреле 1960 года.

На основании постановления ЦК КПСС и Совета министров СССР от 5 февраля 1960 года Оружейная палата и соборы Кремля изымались из состава Комендатуры и создавалось новое учреждение – Государственные музеи Московского Кремля в ведении Министерства культуры СССР. 9 апреля 1960 года был подписан Акт о передаче зданий и имущества из комендатуры на баланс музея.

В течение апреля происходят назначения на основные руководящие должности музея. Директором назначается И.И. Цветков. Музею возвращается должность заместителя директора по научной работе. Ее занимает В.Н. Иванов, работавший в музее в 1920–1930-х годах. В штат впервые вводятся должности Главного хранителя – Н.Н.Захаров и Главного архитектора – В.И. Федоров. Всего на 12 апреля 1960 года в музее насчитывалось 99 сотрудников, из них 32 научных сотрудника, 1 библиотекарь и 2 реставратора.

В последующие несколько лет происходят постоянные изменения, идет поиск оптимальной структуры музея. Создаются новые структурные подразделения – в 1961 году создается отдел ВОХР, Научный архив, Научная библиотека и др.

К середине 1963 года положение стабилизируется. 1 апреля 1963 года утверждается структура и штат музея, а 5 сентября Положение о Государственных музеях Московского Кремля.

В августе 1975 года утверждается новая структура Государственных музеев Московского Кремля, которая более соответствовала новому этапу развития музея и задачам, стоявшим перед ним. Прошедшая в начале 70-х годов проверка работы музея Комиссией Министерства культуры СССР показала, что необходимо значительно улучшить работу по учету и хранению экспонатов, поднять ее на новый качественный уровень. С этой целью существовавший ранее отдел хранения и учета был разделен на отдел фондов и отдел учета экспонатов и экспертизы драгоценных металлов. С целью улучшения учета, хранения и использования архивных и библиотечных фондов на базе Научного архива и Научной библиотеки создается отдел рукописных, печатных и графических материалов. Создание отдела выставочной и издательской работы способствовало развитию этих направлений деятельности музея.