Существенные изменения в работу музея вносит Первая мировая война. По мере продвижения немецких войск, в Оружейную палату эвакуируются ценности из других музеев. Залы музея заполняются ящиками, к ноябрю их было около 2000. В них хранилось около 10 000 предметов. Прекращается доступ публики в музей. Отсутствие финансирования приводит к свертыванию многих видов музейной работы.

Февральская революция 1917 года вызвала бурный интерес общественности к сокровищам Московского Кремля. Известные историки и искусствоведы разрабатывают планы превращения Кремля в город-музей. Однако события осени 1917 года, переезд в Москву советского правительства, начавшаяся Гражданская война совершенно по-новому ставят проблемы организации музейного дела и сохранения ценностей, находившихся в Московском Кремле.

Во время ноябрьских боев в Москве хранителям и сотрудникам музея, находившимся в здании Оружейной палаты, удалось сберечь хранившиеся в ней сокровища. После взятия Кремля отрядами красногвардейцев у дверей палаты немедленно были поставлены посты охраны. В акте осмотра музея в ноябре 1917 года отмечено, что Оружейная палата «повреждений не имеет. Местами разбиты пулями стекла и пострадали от пулеметного огня фасадные части» здания.

Вопрос ведомственного подчинения музея в период с февраля 1917 по осень 1918 года достаточно не определен в силу организационного хаоса того времени.

Осенью 1918 года музей «Оружейная палата» переходит в ведение отдела по делам музеев и охране памятников искусства и старины Наркомпроса.

К весне 1919 года положение музея «Оружейная палата» становится катастрофическим. Экспозиция была практически свернута, многие экспонаты упакованы в ящики, экспозиционные залы и другие помещения музея загромождены ценностями, эвакуированными из дворцов и музеев западных районов страны. Уже на протяжение двух зим музей не отапливался, температура доходила до 3–4 градусов тепла. Это могло привести к гибели экспонатов. Ликвидация Дворцового ведомства привела к тому, что в Оружейной палате не было необходимого количества сотрудников.

Михаилу Сергеевичу Сергееву, возглавившему музей в 1919 году, удалось собрать в Оружейной палате деятельных, талантливых, преданных делу сотрудников: Н.Н. Померанцева, В.Т. Георгиевского, В.К.Клейна, Ф.Я. Мишукова, М.Н. Левинсон-Нечаеву, М.М. Постникову-Лосеву, Т.Г. Гольдберг и др. К апрелю 1922 года штат состоит уже из 20 человек. Для управления работой музея вводится должность заведующего.

Вновь созданный коллектив занимается описанием поступивших в музей коллекций и экспонатов, разборкой сундуков и ящиков, складированных в Оружейной палате. В 1921 году была подготовлена и открыта первая после начала войны выставка – «Эмали в собрании Оружейной палаты». М.С. Сергеев сделал каталог этой выставки и опубликовал в альманахе «Среди коллекционеров» статью о русских эмалях. Сотрудники музея и в это трудное время продолжали вести плодотворную научную работу. К концу 1921 г. были подготовлены к печати: «Каталог выставки тканей XVIII в.», «Опись предметов, поступивших из Патриаршей ризницы и национализированных церквей и монастырей», «Опись вышивок и шитья XVIII в.», издан ряд научных статей.

В начале 20-х годов пересматривается концепция музея, так как в новых социально– политических условиях Оружейная палата в качестве придворного музея, призванного прославлять правящую династию, не могла больше существовать. Новый музей призван был представить историю русского и зарубежного декоративно– прикладного искусства, показать работу царских мастерских и т. д. Такое ограничение в подходе к показу сокровищ, музея, видимо, было вынужденным, продиктованным стремлением руководителей музея М.С. Сергеева и Д.Д. Иванова сохранить экспонаты, акцентируя внимание не на их исторической значимости, а лишь на мастерстве их исполнения.