В первых числах следующего года Помпей едва не уничтожил три легиона цезарианцев в бою при Руспине. В 46 г. до н. э. десять легионов Цезаря одержали победу над превосходящими силами помпеянцев (14 легионов, не считая легкой вспомогательной пехоты и конницы и 100 боевых слонов) у Тапса. Находясь под впечатлением этой победы, римский сенат назначил Гая Юлия Цезаря диктатором Рима сроком на 10 лет.

Последняя битва между Гнем Помпеем и Юлием Цезарем (а в его полководческой биографии она оказалась вообще последней) произошла под Мундой 17 марта 45 г. до н. э. Цезарь продемонстрировал большое искусство командования своей испытанной в войнах армией. Она нанесла помпеянцам сокрушительное поражение, потеряв всего одну тысячу человек. Гней Помпей, который был ранен в битве, потерял под Мундой 30 тысяч человек, в том числе своих ближайших военачальников Лабиена и Варрона.

Оставшись без армии, Помпей на корабле бежал в Египет в надежде найти там убежище и возобновить вооруженную борьбу со своим противником. Однако египетские власти не дали побежденному римскому полководцу даже высадиться: он был убит прямо в лодке своими же приближенными, когда плыл к берегу.

Несмотря на это, Цезарь отправился с частью своей армии из Греции в Египет, чтобы покончить с остатками помпеянских войск, оказавшихся за морем. Там ему пришлось сразиться с молодым Птолемеем XII, правившим Египтом вместе со своей сестрой Клеопатрой. Римлянам пришлось выдержать до прибытия подкреплений тяжелую осаду в Александрии, после чего цезарианцы разбили египетскую армию на берегу Нила. В сражении погиб царь Птолемей XII, после чего война в Египте закончилась.

В Египте у Гая Юля Цезаря начался бурный роман с царицей Клеопатрой. Находясь под влиянием умной и образованной египетской правительницы, полководец в 47 г. до н. э. всего за пять дней разгромил непримиримого врага, понтийского царя Фарнака.

Поскольку Клеопатра значилась в числе союзников Рима, а царь Понта не входил в их число, Юлий Цезарь без ложной скромности отправил в Вечный город лаконичное донесение о еще одной победе римского оружия: «Пришел, увидел, победил».

Гибель Гнея Помпея положила конец гражданской войне в Римской республике, поскольку помпеянцы, деморализованные полным военным разгромом, прекратили сопротивление. В 44 г. до н. э. сенат объявил Цезаря пожизненным диктатором Рима. Достигнув всей полноты государственной власти в Древнем Риме, полководец Гай Юлий Цезарь мог во всеуслышание сказать о себе и своих предках:

«Род моей тетки Юлии восходит по матери к царям, по отцу же – к бессмертным богам: ибо от Анка Марция происходят Марции-цари, имя которых носила ее мать, а от богини Венеры – род Юлиев, к которому принадлежит и наша семья. Вот почему мой род обеспечен неприкосновенностью, как цари, которые могуществом превыше всех людей, и благоговением, как боги, которым подвластны и самые цари».

Цезарь, добившийся диктаторских полномочий в Риме ценой жизни многих тысяч римских легионеров, внес значительный вклад в развитие военного искусства той эпохи. Он отличался дальновидностью и предусмотрительностью при решении стратегических задач как в ходе галльских войн, так и в гражданской войне с Помпеем. Свои легионы он стремился располагать на театре военных действий сосредоточенно, умело создавал превосходство над врагом на нужном направлении.

На поле битвы располагал свою армию в три боевые линии, последняя из которых являлась резервом. Эффектно использовал разведку. После победы организовывал преследование разгромленного противника на большую глубину.