Будапештская операция стала одной из самых продолжительных и трудных операций, проводимых Малиновским в годы Великой Отечественной войны. Начавшись 29 октября 1944 года, операция была завершена только 13 февраля 1945 года.

Подвижные соединения фронта, прорвав оборону противника, вышли к столице Венгрии уже 2 ноября, но с ходу взять город так и не смогли. К концу ноября войска Малиновского вышли к внешнему оборонительному обводу Будапешта с юга и юго-востока, к началу декабря – с севера и востока. Затем при содействии войск 3-го Украинского фронта к концу декабря оборона противника по внешнему обводу была прорвана с юго-западной стороны, и 26 декабря будапештская группировка противника была полностью окружена. На завершающем этапе операции войска 2-го и 3-го Украинских фронтов полтора месяца отражали контрудары противника на внешнем фронте и ликвидировали окруженную группировку в столице Венгрии. Немецкому командованию так и не удалось освободить находящуюся в окружении группировку и закрепиться на рубеже Дуная. В ходе ожесточенных боев советские части разгромили 20 дивизий противника, уничтожили и пленили до 190 тысяч солдат.

Затем войска Малиновского участвовали в Венской операции, проходившей с 16 марта по 15 апреля 1945 года. 26 апреля 1945 года маршал Малиновский был награжден орденом «Победа».

После взятия Берлина остатки войск группы армий «Центр» продолжали оказывать упорное сопротивление в Чехословакии. Для разгрома последнего очага сопротивления и освобождения Праги было решено провести Пражскую операцию силами 1-го, 2-го и 4-го Украинских фронтов. Операция проходила в период с 6 по 11 мая 1945 года. 9 мая в южное предместье Праги во второй половине дня с юга вступили части 2-го Украинского фронта, подвижные соединения других фронтов наступали с севера и северо-запада. Война в Европе была завершена.

Уже в июле 1945 года Родион Яковлевич назначается командующим войсками Забайкальского фронта, действовавшего на главном направлении в Маньчжурской стратегической операции по разгрому Квантунской армии.

Цель операции Забайкальского фронта состояла в том, чтобы разгромить японские войска в западной части Маньчжурии, отрезать им пути отхода в Северный Китай и во взаимодействии с войсками 1-го и 2-го Дальневосточных фронтов окружить и уничтожить главные силы Квантунской армии. Войска фронта должны были нанести главный удар в центре с восточной части территории Монгольской Народной Республики в направлении на Чанчунь, преодолеть хребет Большой Хинган и охватить с юга главные силы Квантунской армии.

Наступление войск началось 9 августа 1945 года. Особенностью оперативного построения стало наличие в первом эшелоне танковой армии и конно-механизированной группы, которая продвигалась вперед в значительном отрыве от основных сил. Уже в первый день наступления они продвинулись на расстояние до 100, а через неделю на 800 километров в глубь территории, преодолев безводные степи, пустыню Гоби и горные хребты Большого Хингана. К 20 августа 6-я танковая армия вступила в Мукден и Чанчунь. Конно-механизированная группа отрезала Квантунскую армию от японских войск в Северном Китае. Окруженная со всех сторон Квантунская армия была полностью разгромлена.

В ходе операции советские войска захватили свыше 220 тысяч пленных, 480 танков, 500 самолетов и 860 орудий. Потери советских войск составили лишь 0,35 процента от первоначальной их численности.

За высокое полководческое искусство, проявленное в ходе операции, Родиону Яковлевичу Малиновскому было присвоено звание Героя Советского Союза.