Много в Благовещенском храме мощей сподвижников Иисуса Христа и мощей угодников Божьих: все они хранятся в серебряных ковчегах в алтаре храма.

Купол собора поддерживают четыре прекрасные порфирные колонны – дар императора Гонория. На горнем месте в храме – чудотворная икона Божией Матери, называемая Ктиторскою. Когда в IX в. сирийцы расхищали обители Святой горы, добрались они и до Ватопеда. Экклесиарх взял образ Божией Матери и крест, спрятал их в колодце и зажег перед святынями свечу, а потом вровень с полом все искусно замаскировал мраморной плитой. Монастырь был разрушен, но святыню так и не нашли.

Несколько десятилетий экклесиарх томился в плену, но наконец он получил свободу. Ватопедская обитель между тем стала оправляться после разбойничьих набегов, но никто не знал о скрытой иконе, пока экклесиарх не объявил, где он скрыл святыню. Когда подняли плиту, то, к великому удивлению, все увидели теплящуюся перед святынями свечу. Сейчас эта огромной величины севча обложена оловом и серебром; она горит и не сгорает, потому что сверху на нее всегда кладется воск. Восьмиконечный крест, который называют Константиновским, стоит за престолом. Однако высказываются сомнения как в том, что он мог принадлежать императору Константину, так и в том, что император был ктитором монастыря. Тем более что надпись на кресте – славянская.

В алтаре соборного храма хранятся два небольших складня, которые называются игрушками царицы Феодоры – супруги императора Феофила, который хотел уничтожить иконопочитание. Но царица Феодора, выдавая иконы за игрушки, скрытно поклонялась им.

Во внешнем притворе храма обращают на себя внимание мозаичные изображения – единственные на Святой горе. В полукруге над входными дверями изображен Иисус Христос с молящимися по сторонам от Него Пресвятой Богородицей и Иоанном Крестителем. На обеих сторонах дверей тоже есть мозаичные изображения, вместе составляющие образ Благовещения. В соборном приделе во имя Дмитрия Солунского находятся два поясных изображения Божьей Матери, которые признаются чудотворными. Одно из них называется «Закланная», и предание повествует о нем следующее.

«Один здешний экклезиарх иногда приходил в трапезу в не положенное время, а после всех. Однажды недовольный трапезарь в сердцах сказал, что надо приходить вместе со всеми, а не как вздумается. Дьякон оскорбился и еще настойчивее стал требовать обед, на что трапезарь сказал, что у него нет даже куска хлеба.

Злой и голодный экклезиарх вышел из трапезы и пошел в церковь, но мрачные мысли его не только не утихли, а еще больше разгорелись. В совершенном исступлении он подошел к иконе Богоматери и стал укорять Пресвятую Богородицу: «До какого времени я буду служить тебе, Богородица? Трудись, трудись, а за все не только нет ничего у меня, но даже и куска хлеба в подкрепление усталых сил моих не дают». С этими словами он схватил нож, которым перед тем очищал воск от лампады, замахнулся и сильно ударил в щеку Пресвятой Богородицы. Кровь хлынула из раны, и лик Богородицы побледнел, как лицо умирающего от смертельной раны. Тут экклезиарх затрепетал от ужаса, упал перед иконой и сделался, как помешанный.

Скоро в монастыре узнали о случившемся. Когда игумен и братия пришли в церковь, то с изумлением увидели, что кровь на щеке Пресвятой Богородицы еще не засохла. А убийца ослеп и стал совершенно безумный.

Братия усердно молилась за него, но целых три года он, оставаясь в помешательстве ума, не сходя с места, оплакивал свое преступление. Перед смертью Божия Матерь явилась ему во сне и объявила о Своем прощении. Однако рука у него отсохла. Теперь она представляет собой почерневшую кость, которая до Страшного Суда хранится в особом ящике. На лике Божией Матери, названной Закланной, виден небольшой бугорок, как будто здесь запеклась кровь».