Фармацевтический раздел содержал множество рисунков с частями растений и изображениями аптекарских сосудов на полях страниц, все рисунки были подписаны, а в тексте, вероятно, содержался состав медицинских рецептов с использованием трав.

Водоемы и каналы в биологическом разделе могли означать связь с алхимией, что могло бы иметь значение, если бы книга содержала инструкции по приготовлению медицинских эликсиров и смесей. Серджио Торезелла, эксперт по палеоботанике, отмечал, что манускрипт мог быть алхимической гербалистикой, которая на самом деле не имела ничего общего с алхимией, но была фальшивой книгой травника с выдуманными картинками.

Первая часть книги посвящалась травам, но попытки сравнить их с реальными образцами трав и со стилизованными рисунками трав того времени ничего не дали. Некоторые растения – анютины глазки, папоротник адиантум, лилия, чертополох – можно было определить достаточно точно. Те рисунки из ботанического раздела, которые соответствуют наброскам из фармацевтического раздела, производили впечатление их точных копий, но с отсутствующими частями, которые были дополнены совершенно неправдоподобными деталями. Многие растения казались составными: корни одних экземпляров были сцеплены с листьями от других и с цветками от третьих.

Существует интересная теория, что шифр этой рукописи не может быть разгадан, поскольку он сделан с помощью решетки Кардано, названной именем создавшего ее итальянского математика Джироламо Кордано, то есть с помощью своеобразной доски с вырезанными в ней окошками, без которой письмо представляет собой беспорядочный набор букв. Однако эта теория также не кажется безусловной.

Можно предположить и другие занятные вещи. Например, что рукопись является не научным трудом, а тетрадкой средневекового ученика или студента, не слишком умело зарисовывавшего те растения, о которых ему говорил профессор. Или – что рукопись на самом деле является вымышленной, мистической частью художественного произведения, чем-то вроде «записок» таких персонажей Жюля Верна, как Паганель или кузен Бенедикт.

Ученые создали «Общество Войнича» и выдвигали свои версии. Так, в 1978 году появилась книга Джона Стойко «Письма к Оку божьему», в которой были помещены 9 расшифрованных страниц текста, написанного, по мнению ученого, на «протоукраинском» языке.

Криптолог Жак Ги утверждал, что письмо напоминает китайский или вьетнамский языки, что подтверждает и набор растений, характерный для этого региона. Болгарский ученый Лео Левитов написал книгу «Разгадка манускрипта Войнича: литургический справочник для обряда эндура ереси катаров, культ Исиды», в которой предполагал, что этот язык – смесь средневекового фламандского со старонемецким и старофранцузским. По мнению Левитова, в книге излагался обряд самоубийства, принятый у катаров для безнадежных больных. На эту мысль его навели причудливые изображения женщин, руки которых были словно обрублены какими-то ветками или стволами деревьев. Однако все эти представления разбивались о тот факт, что книга появилась раньше, чем традиции катаров.

Использовался и шифр Виженера с перестановкой букв и слогов. Предполагалось, что в книге записан искаженный иврит. Говорилось и о необходимости кодовой книги, и о том, что это особый вид стенографии.

В конце 2003 года Збигнев Банасик предложил расшифровку одной страницы, в которой он увидел признаки маньчжурского письма. По мнению писателя Дегтярева, речь идет о протоязыке, на котором говорили много тысяч лет назад.

Некоторые ученые сошлись на том, что человек, составлявший рукопись, намеренно зашифровал ее, потому что там содержалось нечто ужасное и не предназначенное для людей. Вот же существует еще нерасшифрованная рукопись Исаака Ньютона, связанная с алхимией и созданием гомункулусов – искусственных людей. Ньютон явно не хотел, чтобы ее прочитали и привели в действие. А вдруг «рукопись Войнича» – это на самом деле та самая «Книга Соломона», сожженная в 1350 году по приказу папы Иннокентия VI? В ней ведь описывался способ вызывания демонов.