На рассвете 6 сентября, во вторник, лоцман сделал в судовом журнале запись об уменьшении глубины. Несколько отважных матросов пытались поставить еще один фок и, лавируя, уйти от опасности, но его снова унесло. Когда судно проносило между флоридскими рифами, попытались отдать якоря, но они не забирали грунт. Внезапно галион налетел на мель и засел на ней.

Когда совсем рассвело, командир находящейся на корабле пехоты, капитан Бернадино де Луго подошел к фальшборту «Санта-Маргариты». На его глазах затонул галион «Нуэстра Сеньора де Аточа». Затем его собственный корабль начал погружаться. Спрыгнув за борт, де Луго ухватился за деревянный брус и поплыл. Еще шестьдесят семь человек нашли спасение на обломках «Санта-Маргариты». Сто двадцать семь человек утонули. Днем ветер утих. По счастливой случайности в тот полдень рядом проходило судно с Ямайки. Уцелевшие люди были подняты на борт, где встретили пятерых спасшихся с «Аточи». Остальные двести шестьдесят человек, находившиеся на ней, погибли.

Несколькими днями позже капитан маленького судна «Санта-Каталина» Бартоломе Лопес видел место крушения; он заметил корпус «Аточи» с обломком бизань-мачты, выступающим из воды.

Спасшиеся с «Росарио» ступили на землю острова Драй-Тортугас, неподалеку от их севшего на мель талиона. Места кораблекрушений протянулись на восток больше чем на сорок миль: сначала небольшой португальский работорговец, затем посыльное судно флота, затем «Санта-Маргарита» и «Аточа». Немного дальше погиб маленький кубинский сторожевик, и где-то невдалеке от берега бесследно затонули еще два небольших «купца». В общей сложности во время шторма погибло пятьсот пятьдесят человек и затонул груз стоимостью более полутора миллионов дукатов.

После бедствия 1622 года испанцам надо было исследовать большую территорию и переместить массу песка, чтобы отыскать погибшие корабли. Выяснив местонахождение «Аточи» из записей капитанов де Луго и Лопеса, они нашли около Драй-Тортугас севшую на мель «Росарио». Маркиз Кадерейта послал из Гаваны для спасения груза погибшего судна капитана Гаспара де Варгаса.

Он первым подошел к «Аточе» и нашел ее в целости на глубине пятидесяти пяти футов. Варгас смог поднять только две пушки, а затем ушел к «Росарио». Тем временем в этом районе пронесся еще один ураган. Когда спасатель вернулся туда, где затонула «Аточа», он обнаружил, что шторм разбил ее корпус и разбросал обломки.

Вице-король Новой Испании прислал Варгасу опытного инженера, Николаса де Кардоно, с рабами-ныряльщиками из Акапулько, а с Карибских островов приехали индейские ловцы жемчуга. Сам маркиз де Кадерейта прибыл во Флориду, чтобы наблюдать за работами; остров, где для него был разбит лагерь, назвали «Эль-Кайо-дель-Маркес».

Последовали несколько месяцев тяжелой работы. Испанцы истратили более тысячи песо, так и не найдя ни «Аточу», ни «Санта-Маргариту».

В 1625 году пропали Франсиско де ла Лус и вся его команда, устанавливавшие буи на местах кораблекрушений. Но теперь Франсиско Нуньес Мелиан заключил с королем Филиппом контракт на спасательные работы; он и корона получат третью часть находок каждый, а расходы по спасению будут оплачены из оставшейся трети.

Мелиан изобрел секретное приспособление для спасательных работ. Его устройство представляло собой 680-фунтовый бронзовый колокол, оборудованный сиденьем и окнами, который Мелиан отлил в Гаване. Это было одновременно поисковым транспортом и ныряльной станцией.

Мелиан приплыл к отмелям в мае 1626 года и приступил к работе. Испанцы быстро нашли триста пятьдесят серебряных слитков и тысячи монет, несколько бронзовых пушек и много медных изделий.