Комиссия решила, что шторм не мог стать причиной трагедии. Один из главных доводов – масленка на швейной машинке.

Вскоре из Нью-Йорка в Гибралтар прибыл Джеймс X. Уинчестер, владелец бригантины, и с ним капитан Хатчинс, который должен был принять командование судном, когда следствие будет закончено. Уинчестер сообщил, что обнаруженная на корабле фисгармония принадлежала миссис Бриггс, которая взяла ее с собой, чтобы развлечься во время плавания. А из двух спасательных шлюпок одна была сломана во время погрузки и ее не успели заменить, но вторая во время отплытия, несомненно, была на корабле.

Больше ничего нового установить не удалось, и 26 марта 1872 года Трибунал Морского флота постановил выдать Морхаусу награду за спасение в размере одной пятой части стоимости «Марии Целесты», включая и груз. Это составило 1700 фунтов стерлингов, которые и поделили между собой капитан и команда. Вскоре после этого «Мария Целеста» под командованием капитана Хатчинса покинула Гибралтар, направляясь в Геную, куда ей надо было доставить груз.

«Мария Целеста» была возвращена судовладельцу и продолжала плавать, хотя все время возникали трудности с набором команды. В 1885 году «Мария Целеста» погибла, и тоже при весьма загадочных обстоятельствах. В отличную погоду бригантина наскочила на подводные скалы около Гаити и затонула. Катастрофа выглядела столь необычной, что капитана обвинили в умышленной аварии для получения страховки. Однако незадолго до судебного процесса он умер.

Гибель «Марии Целесты» породила много, порой фантастических, гипотез об исчезновении экипажа судна.

Капитана Морхауса и его людей обвиняли в том, что они захватили «Марию Целесту», уничтожив весь экипаж, в надежде получить премию за якобы спасенное судно. Ходили слухи, что еще в Нью-Йорке Морхаусу удалось каким-то образом устроить на «Марию Целесту» своих матросов; те быстро завладели судном, убили людей, выбросили их за борт и в условленном заранее месте стали ждать, когда подойдет «Деи Грация».

По другой версии, владелец «Марии Целесты» подговорил матросов убить капитана Бриггса вместе с семьей и затопить судно, чтобы получить страховую премию, но матросы допустили какую-то оплошность и погибли.

Согласно одной из самых распространенных версий, в носовом трюме «Марии Целесты» взорвались пары спирта. Взрывом сорвало люковые крышки трюма. Опасаясь последующих взрывов, люди поспешно спустили шлюпку и отплыли от судна, которое каждую секунду могло превратиться в огромный факел. Взрывов больше не было, но внезапно налетевший шквал погнал бригантину прочь, лишив людей возможности вернуться на судно. Шлюпка затерялась в море и погибла.

Со временем версии стали еще более изощренными. Была высказана мысль, что испорченная пища вызвала у экипажа галлюцинации, и люди стали кидаться в море, чтобы спастись от ужасных видений. По другой версии, всех отравил кок, который выбросил тела умерших за борт и сам прыгнул вслед за ними.

Были истории и совершенно фантастическими. Например: морское чудовище в виде гигантского осьминога уничтожило всех членов экипажа. «Марию Целесту» атаковали мавританские пираты, которые, увидев приближающуюся «Деи Грация», испугались и обратились в бегство, взяв с собой экипаж бригантины.

Другие утверждали, что на судне вспыхнула эпидемия чумы. Капитан с женой и дочерью, сопровождаемые штурманом, поспешно покинули судно на шлюпке, которая потом погибла. Оставшиеся на борту открыли трюм, добрались до спирта, перепились и упали за борт.

Допускалось также, что «Мария Целеста» наткнулась на вулканический остров, неожиданно всплывший из глубин океана. Команда высадилась на этот кусочек земли. После повторного толчка или извержения вулкана остров опять ушел под воду. Люди потонули, бригантина без команды поплыла дальше подобно «Летучему Голландцу».