Крушение плана посредством мирных переговоров и национального собора прийти к согласию заставило наваррца принять вызов оппозиции и готовиться к войне, прибегнув к новой тактике. Он разделил армию на три части: одну направил к Шампани, другую к Пикардии, третью – к Нормандии. Северное побережье открывало связь с союзницей Англией.

С армией меньшей численности и с незначительной помощью иностранных наемников Генрих Наваррский осадил Париж. Длительность осады заставила его начать переговоры с городскими властями, которые ни к чему не привели, но вынудили его дать бой на подступах к Парижу.

В январе 1593 года в осажденном Париже собралась ассамблея сторонников Лиги. На этом собрании в нарушение традиции престолонаследия был поставлен вопрос о выборах короля. Дебаты лигеров продолжались полгода, но выход так и не был найден. Между тем эта ситуация подтолкнула Генриха Наваррского на решение об отречении от протестантской веры, которого давно от него ожидали.

Отречение от протестантской веры и причащение по католическому обряду не имели силы без санкции Святого престола. Генрих Наваррский должен был предстать перед папой. Вместо этого он отправил в Рим Клименту VIII послание. Папа не ответил наваррцу. И наследник престола короновался без папского благословения.

27 февраля 1594 года, вопреки традиции, в Шартре, а не в Реймсе состоялась торжественная коронация. А 22 марта Генрих IV вошел в Париж. Гарнизоны Филиппа II покидали город. Парижане в сомнении и страхе ожидали первых распоряжений нового короля. Генрих IV принял единственно разумное решение – не преследовать своих противников и не конфисковывать их имущество, надеясь своим миролюбием обезоружить бывших врагов.

Однако не все города безоговорочно приняли короля. Жители ряда городов как на севере, так и на юге Франции небезуспешно пытались выкупить свои городские свободы и право на отправление протестантского культа. Сын убитого Генриха Лотарингского герцог Гиз отдал Генриху IV Реймс за 3 миллиона ливров. Король без колебаний шел на эти сделки, стремясь убедить своих новых подданных в том, что главная цель его действий не столько заслужить титул первого сына церкви и наихристианнейшего короля, сколько позаботиться о согласии и объединении всех французов.

Этим усилиям короля противодействовала активность еще живой Католической лиги и ее испанского покровителя: Филипп II держал свою казну открытой для оплаты солдат во Франции. Отречение и коронация Генриха Наваррского без санкции Святого престола вызвали неоднозначную реакцию как в самой Франции, так и в Риме. Папа опасался излишней самостоятельности французов. Генрих IV, объявив себя защитником католической церкви, вовсе не желал разрыва с Римом. Так или иначе, но осенью 1595 года в Риме папа Климент VIII согласился заочно принять отречение и, отпустив грехи, ввести французского короля в католическую церковь.

Пользуясь услугами своих советников, Генрих IV проявлял большую самостоятельность, принципиальные решения как во внешней, так и внутренней политике он предпочитал принимать сам.

В январе 1595 года Генрих IV объявил войну Испании, которая закончилась сепаратным Вервенским миром 1598 года на основе статус-кво.

Следуя в своей политике принципу компромисса, Генрих IV был склонен к веротерпимости. Он считал необходимым официально признать статус протестантов и протестантской церкви. Собрание, состоявшее из советников короля, клириков и представителей протестантских церквей, решало этот вопрос два года (1596–1598), пока в апреле 1598 года в Нанте не был подписан эдикт об умиротворении, о признании легального существования религиозного меньшинства.