Через пять дней после этого события Макиавелли, победив кандидата от партии Медичи, был намечен, а 18 июня утвержден секретарем второй канцелярии; 14 июля ему была также доверена канцелярия комиссии Десяти, ведавшая иностранными и военными делами.

Очень скоро флорентийская синьория убедилась в том, что не ошиблась в своем выборе. 29-летний Никколо Макиавелли успешно справлялся со своими обязанностями. За четырнадцать лет он составил тысячи дипломатических писем, донесений, правительственных распоряжений, военных приказов, проектов государственных законов; совершил тринадцать дипломатических и военно-дипломатических поездок с весьма сложными поручениями к различным итальянским государям и правительствам республик, к папе, императору и четырежды к французскому королю; как секретарь комиссии Десяти он был организатором и участником военных кампаний и инициатором создания республиканского ополчения.

В марте 1499 года Макиавелли отправился в Понтедера к владетелю Пьомбино, расположенного километрах в ста на юго-запад от Флоренции. 30-летний секретарь комиссии Десяти сумел убедить д’Аппиано, этого коронованного военачальника, не требовать увеличения платы за военную службу Флорентийской республике, которая и без того тратила колоссальные средства на наемников-кондотьеров.

В июле того же года Макиавелли был послан к правительнице важного для республики стратегического пункта – Форли, дочери Галеаццо Сфорца, Катарине с официальным письмом первого канцлера Флоренции Марчелло Вирджилио Адриани. Несмотря на все ухищрения коварной и опытной правительницы, первый дипломатический экзамен флорентийский посланец сдал на отлично: дружбу с правительницей Форли удалось сохранить, что было крайне важно в условиях напряженной борьбы за важнейший торговый центр Пизу.

Между тем тучи над Италией сгущались. В октябре 1499 года французские войска вошли в Милан, а в начале следующего года его правитель Лодовико Моро был пленен и увезен во Францию. Судьба итальянских государств теперь зависела от Людовика XII, к которому Флорентийская республика в июле 1500 года и направила дипломатическую делегацию в составе Никколо Макиавелли и Франческо Каза. Раньше вопрос о Пизе решала Флоренция, отныне его решал французский двор, требовавший огромных денег за военную помощь.

Великий флорентиец не только выполнял официальные инструкции, но внимательно наблюдал и оценивал обстановку, людей, обычаи. Макиавелли посетил Лион, Невер, Мелея, Париж. Его сообщения флорентийской синьории были не менее важны, чем ведение переговоров. Вскоре Каза заболел, и Макиавелли остался единственным представителем республики при дворе. Он не только изучал французскую политику, но и пытался оказать на нее влияние.

По возвращении из Франции, в 1501 году, секретарь комиссии Десяти занимался делами, связанными с подчиненной, но вечно непокорной Пистойей: вел переписку, писал приказы, трижды ездил в мятежный район для улаживания конфликта. В этом же году он выполнил ряд поручений в Сиене и Кашине.

В сентябре 1502 года во Флорентийской республике была введена должность пожизненного гонфалоньера, которым стал Пьеро Содерини, брат епископа Вольтерры, ездившего в Урбино вместе с Макиавелли. Он был главой синьории, имел право законодательной инициативы и вмешательства в судебные дела. Вскоре Макиавелли приобрел неограниченное доверие Содерини, стал его постоянным советчиком.

Хотя второй канцлер республики и был первым человеком при главе правительства, он продолжал выполнять сложные дипломатические поручения, так как никто не мог точнее и вернее оценить политическую атмосферу в чужой стране и дать характеристику ее деятелям.