Папский легат епископ Памьерский Бернар Сессе, не добившись уступок, стал грозить Филиппу интердиктом. Филипп велел арестовать легата и заключить под стражу в Санли. Он потребовал от папы, чтобы тот низложил Бернара и позволил предать его светскому суду.

Папа в ответ настаивал на немедленном освобождении легата. Бонифаций лишил французского короля права собирать налоги с духовенства и запретил французскому клиру платить что-либо королю без разрешения папы. Он обвинял Филиппа IV в захвате церковного имущества, в тиранических действиях и других проступках и объявлял о своем решении созвать французское духовенство на церковный собор, который должен был открыться в Риме 1 ноября 1302 года.

Филипп велел торжественно сжечь папскую буллу на паперти собора Парижской Богоматери. Последовала искусная кампания против папы, организованная легистами. Были пущены в ход фальшивки: вымышленные папские буллы и вымышленные же ответы на них короля. Эти фальшивки многими принимались за правду. Играя на национальных чувствах, легисты представляли дело как стремление Бонифация превратить Францию в вассальное государство. Сторону короля приняли университеты, монастыри и города; прозвучали голоса, требования созвать церковный собор и сместить недостойного – папу.

В апреле 1302 года Филипп IV созвал в Париже первые в истории Генеральные штаты. На них присутствовали представители духовенства, бароны и прокуроры главных северных и южных городов. Чтобы возбудить негодование депутатов, им зачитали подложную папскую буллу, в которой претензии папы были усилены и заострены.

В мае 1302 года во Фландрии вспыхнуло восстание, вызванное тяжелым бременем налогов. В знаменитой «битве шпор» при Куртрэ ополчения фландрских городов нанесли жестокое поражение королевским рыцарям. Вся Фландрия была очищена от французов.

В апреле 1303 года папа отлучил короля от церкви и освободил семь церковных провинций в бассейне Роны от вассальной зависимости и от присяги на верность королю. Тогда Филипп объявил Бонифация лжепапой (действительно, существовали некоторые сомнения в законности его избрания), еретиком и даже чернокнижником.

Французский король потребовал созвать Вселенский собор, но при этом говорил, что папа должен быть на этом соборе в качестве пленника и обвиняемого. От слов он перешел к делу.

Один из видных (и наиболее хитроумных) членов королевского совета, легист Гийом Ногаре, был направлен к папе с вызовом на церковный собор. Но после встречи с Ногаре папа заболел и 11 октября умер.

Притязания пап на верховенство потерпели поражение в борьбе с королевской властью. Важным последствием борьбы Филиппа IV с Бонифацием VIII было еще и то, что король впервые установил прецедент обращения с апелляцией на папские решения ко Вселенскому собору, который ставился таким образом выше папы. Этой идее суждено было впоследствии сыграть важную роль как во время раскола в Западной церкви, так и несколько веков спустя.

В 1304 году во главе 60-тысячной армии король предпринял новый поход во Фландрию. В конце концов ему удалось в результате не столько военных действий, сколько ловких дипломатических маневров навязать Фландрии в 1305 году мир. Фламандцы сохранили все свои права и привилегии. Однако должны были выплатить большую контрибуцию. В залог уплаты выкупа король взял себе земли на правом берегу Лиса с городами Лилль, Дуэ, Бетюн и Орши. Филипп должен был вернуть их после получения денег, но вероломно нарушил договор и навсегда оставил их за Францией.

После понтификата Бенедикта ХI, длившегося всего несколько месяцев, кардиналы в июне 1305 года избрали архиепископа из Бордо Бертрана де Го, вошедшего в историю как Климент V.