Политика Фридриха II состояла в том, чтобы укреплять свою власть и увеличивать свои доходы в богатом Сицилийском королевстве, которое он считал главным из своих владений и называл «зеницей ока»; путем уступок духовным и светским феодалам жить в мире с Германией, используя ее военные ресурсы; окружить папу со всех сторон и подчинить его себе, до поры до времени держась с ним осторожно; наконец, принудить к повиновению североитальянские города.

В июле 1215 года Фридрих II торжественно принял крест и обещал в скором времени возглавить крестовый поход против неверных.

На IV Латеранском соборе был назван крайний срок отъезда Фридриха II в крестовый поход – 1 июня 1216 года. Однако этот отъезд не состоялся. В империи обострилась борьба духовных князей против императорской власти, и Фридрих вынужден был отказаться в пользу князей от многих своих привилегий: права чеканить монету, устанавливать пошлину, открывать рынки и строить города. Он отказался от сполий, то есть права наследовать движимое имущество епископов и аббатов и пользоваться доходами их имений до назначения преемника. Благодаря этим уступкам духовенству девятилетний сын Фридриха был избран наследником римского короля.

В 1220 году после долгого торга с князьями Фридрих II отправился в Рим, где был коронован Гонорием III в императоры, и дал торжественный обет в 1221 году уже быть в Малой Азии. Предварительно он издал крайне суровый закон против еретиков, являвшийся как бы платой за отсрочку крестового похода. Однако беспорядки в Северной Италии и Сицилии вновь задержали Фридриха.

В ноябре 1225 года император женился на королеве иерусалимской. Брак был заключен по политическому расчету. Сразу после свадьбы Фридрих II принял титул короля иерусалимского и потребовал, чтобы палестинские бароны и рыцари присягнули ему на верность.

Положение Фридриха ухудшилось после смерти папы Гонория III. Новый папа Григорий IX, решительно потребовал немедленного отъезда императора на Восток.

Под угрозой отлучения от церкви Фридрих все-таки вынужден был отправиться в крестовый поход. Летом 1227 года он собрал в Бриндизи (на юге Италии) огромную армию в 60 тысяч рыцарей и крестьян. Однако вскоре он вернулся обратно, ссылаясь на эпидемию лихорадки, из-за которой его армия заметно поредела. Но в лице престарелого папы Григория IX Фридрих встретил достойного противника. Под угрозой интердикта он потребовал от жителей Сицилийского королевства выдачи ему императора. Фридрих со своей стороны грозил Григорию свергнуть его с папского престола и избрать нового папу. Тогда Григорий отлучил его от церкви и запретил крестовый поход под предводительством императора.

Несмотря на это, в 1228 году Фридрих отправился в крестовый поход, ставший его личным и династическим делом ввиду его притязаний на Иерусалимское королевство. На Востоке у него были дружеские связи с египетским султаном Эль-Камилем. Путем дипломатических переговоров с мусульманскими властями Фридрих достиг, несмотря на противодействие папских представителей, очень почетного мира на десять лет и выгодных условий. Дипломатическим путем Фридриху удалось получить то, чего тщетно добивались крестоносцы силой оружия. В силу соглашений 18 февраля 1229 года Иерусалим (за исключением мечети), Назарет, Вифлеем, Сидон и вся местность, через которую пролегала пилигримская дорога от Яффы к Иерусалиму, были переданы султаном Фридриху, и свобода богослужения была предоставлена во всех этих местах как христианам, так и мусульманам. Правда, это было достигнуто ценой важных уступок – Фридрих обязался не помогать палестинским христианам в их борьбе с египетским султаном, в руках которого остались укрепленные пункты Палестины. В храме Гроба Господня Фридрих сам возложил на себя корону Иерусалимского королевства без всякого церковного обряда.