Заботы и треволнения последних лет подорвали здоровье престарелого папы. 25 мая 1085 года Григорий VII закончил свою многотрудную жизнь.

Иннокентий III взошел на папский престол в январе 1198 года, когда влияние папской власти вновь заметно ослабло. Даже в Риме префект был ставленником императора.

Иннокентию III было всего лишь 37 лет. Он родился в Ананьи и принадлежал к именитому роду графов Сеньи из Лациума. Иннокентий получил блестящее образование: юридическое – в Болонье, богословское – в Париже и был возведен в кардиналы своим дядей Климентом III. Новый папа отличался холодным, выдержанным характером, расчетливостью и осторожностью. Он умел, когда того требовали обстоятельства, уступать, чтобы затем снова перейти в наступление, – одним словом, был дипломатом.

Многое в его убеждениях и действиях можно объяснить характером полученного им образования. Иннокентий III подкреплял свои притязания ссылками на юридические сборники, в которых сторонники папства собирали документы, говорившие в его пользу.

Подобно большинству политиков своего времени он был убежден в необходимости подчинить христианский мир папской власти.

В феврале 1198 года, то есть через месяц после избрания, Иннокентий III взял с префекта клятву верности и дал ему инвеституру. В том же году он подчинил себе коммуну, во главе которой стоял «высший сенатор». Папа добился права назначать магистра. Муниципалитет был сохранен, но теперь подчинялся верховной власти папы.

Иннокентий обратился с посланием к ряду итальянских коммун и областей, в котором говорилось о «зверской» («германской») расе, стремившейся к господству над Италией. Особенно подробно папа описывал зверства Генриха VI в Сицилии, где, как он утверждал, нет ни одной семьи, которая «не стала бы жертвой этого тирана».

Однако итальянские города-коммуны отвергали не только императорскую власть, но и папскую. Иннокентий подвел это движение под категорию ереси, опасной для католической веры. Ряду городов была объявлена война, и если она не приняла в Италии широкого размаха, то лишь потому, что папа опасался, как бы эти города не обратились за помощью к императору.

Между тем Флоренция, Сиена, Лукка, Вольтерра, Ареццо, Прато и другие города еще в 1197 году образовали Лигу, дружественную папству и враждебную империи. Иннокентий одобрил ее; он вернул себе те домены, которые принадлежали в этих областях графине Матильде, организовал их администрацию и обеспечил их защиту.

После того как при помощи папы с юга Сицилии были изгнаны германцы, Констанция, вдова Генриха VI и наследница Сицилийского королевства, в ноябре 1198 года поручила Иннокентию III опеку над своим малолетним сыном Фридрихом. Чтобы обеспечить последнему сицилийскую корону, она от его имени отказалась от прав на Германию и Священную Римскую империю.

Не менее искусную дипломатическую игру папа вел во время борьбы за императорский престол между Гогенштауфенами и Вельфами, развернувшейся в 1198–1209 годах.

В борьбе за трон соперничали две партии: одна избрала Филиппа Швабского, брата Генриха VI, другая – Вельфа Оттона Брауншвейгского, сына Генриха Льва. На стороне Филиппа Швабского были воспоминания о его предках-императорах, их владения, поддержка большей части князей и французского короля Филиппа-Августа. Среди влиятельных покровителей у Оттона был только его дядя Ричард Львиное Сердце, поэтому он старался приобрести расположение папы.