Джонатан Свифт. Художник М. Даль. 1734 г.

В 1705 году, разочаровавшись в вигах, Свифт вернулся в Ирландию, где получил приход в деревне Ларакор, и проживал там до конца 1707 года. В одном из писем он сравнил распри вигов и тори с кошачьими концертами на крышах. Около 1707 года Свифт познакомился с 19-летней сиротой Эстер Ваномри (1688–1723), с которой у них завязалась трогательная переписка, в которой Свифт именовал девушку Ванессой. Одновременноо Свифт почти ежедневно писал Эстер Джонсон, которую называл Стеллой. Эти письма составили его книгу «Дневник для Стеллы», изданную посмертно. Эстер-Стелла поселилась в ирландском поместье Свифта на правах воспитанницы. Существует гипотеза, что Джонатан и Стелла тайно обвенчались около 1716 года, но документальных доказательств этого пока не найдено.

В 1710 году тори во главе с Генри Сент-Джоном, впоследствии виконтом Болингброком (1678–1751), пришли к власти в Англии, и Свифт их поддержал, поскольку они заключили мир с Францией и осудили коррупцию и пуританский фанатизм. Он подружился с Болингброком и стал публиковаться на страницах консервативного еженедельника «The Examiner».

В 1713 году Свифт стал деканом собора Святого Патрика. В 1720 году он включился в борьбу за автономию Ирландии, поскольку считал, что метрополия разоряет Зеленый остров. Тогда же Свифт начал писать самую знаменитую свою книгу – «Путешествия Гулливера». В 1724 году он анонимно издал многотысячным тиражом «Письма суконщика», призывавшие к бойкоту английских товаров и неполновесной английской монеты. Резонанс от «Писем» был столь сильным, что Лондону пришлось срочно назначать нового наместника для успокоения ирландцев. В итоге Англия вынуждена была пойти на ряд экономических уступок Ирландии, и англиканский декан Свифт стал национальным героем и неофициальным лидером католической Ирландии. Современник отмечает: «Его портреты были выставлены на всех улицах Дублина… Приветствия и благословения сопровождали его всюду, где бы он ни проходил». В 1729 году Свифту присвоили звание почетного гражданина Дублина.

В 1726 году вышли первые два тома «Путешествий Гулливера»; остальные два были опубликованы в следующем году. Книга имела невероятный успех, была трижды переиздана за несколько месяцев и переведена на другие языки.

В 1728 году умерла Стелла, что стало огромным потрясением для Свифта. В последние годы он страдал от серьёзного душевного расстройства; в одном из писем он упоминал «смертельную скорбь», убивающую его тело и душу. В 1742 году после инсульта Свифт потерял речь и частично умственные способности, после чего был признан недееспособным.

Свифт утверждал, обращаясь к своему другу, поэту Александру Поупу (1688–1744): «Вы и все мои друзья должны позаботиться о том, чтобы мою нелюбовь к миру не приписывали возрасту; в моём распоряжении есть надёжные свидетели, которые готовы подтвердить: с двадцати до пятидесяти восьми лет это чувство оставалось неизменным». Он полагал, что англиканская церковь меньше испорчена пороками, фанатизмом и произвольными извращениями христианской идеи по сравнению с католицизмом и радикальным пуританизмом. Свифт хотел найти пути улучшения человеческой природы, отыскать способ возвысить её духовную и разумную составляющие. Естественный же человек, по Свифту, в своем природном состоянии лишенный веры и благодати, оказывается самым омерзительным из скотов, который и может быть только рабом у лошадей, как это происходит в «Путешествиях Гулливера». Свифт выступал против всех видов тирании, однако требовал, чтобы недовольное политическое меньшинство подчинялось большинству, воздерживаясь от насилия и беззакония. Тому же Поупу он писал: «Я всегда ненавидел все нации, профессии и всякого рода сообщества; вся моя любовь обращена к отдельным людям: я ненавижу, например, породу законников, но люблю адвоката имярек и судью имярек; то же самое относится и к врачам (о собственной профессии говорить не стану), солдатам, англичанам, шотландцам, французам и прочим. Но прежде всего я ненавижу и презираю животное, именуемое человеком, хотя от всего сердца люблю Джона, Питера, Томаса и т. д. Таковы воззрения, коими я руководствовался на протяжении многих лет, хотя и не высказывал их, и буду продолжать в том же духе, пока буду иметь дело с людьми».