В 1563–1574 годы Фробишер занимался и пиратством, и приватирством. В 1563 году некий купец снарядил три корабля для каперства, одним из них командовал Фробишер. В мае он привел в гавань Плимута пять захваченных французских кораблей; в 1564 году захватил в Ла-Манше корабль «Кэтрин», который вез в Испанию гобелены для самого короля Филиппа II. По возвращении в Англию Фробишера посадили в тюрьму, но длилось заключение недолго. Уже в 1565 году он оказался на свободе и на корабле «Мэри флауэр» вновь вышел на промысел. В последующие годы он грабил на «законных» основаниях. В 1569 году Фробишер получил патент на приватирство от принца Вильгельма Оранского. В эти годы его неоднократно арестовывали, и английское правительство отправляло неукротимого разбойника в тюрьму, однако до судебного разбирательства дело ни разу не доходило. Знание и опыт молодого моряка, несомненно, делали его услуги необходимыми правительству, и оно закрывало глаза на его «проступки». В августе 1569 года его арестовали за пиратство. Он почти год провел в лондонской тюрьме. Освободили его благодаря ходатайству леди Элизабет Клинтон, жены адмирала Англии и фаворитки королевы Елизаветы.

В 1570 году Мартин Фробишер был уже на службе у королевы. Однако это не мешало ему нападать на корабли для личных целей.

Третий этап жизни Фробишера знаменателен тем, что удалой пират и приватир превратился в пионера покорения Арктики и поневоле стал одним из знаменитейших мистификаторов эпохи. XVII век жил надеждой открыть северо-западный проход в Китай, Японию и Индию. Фробишер, знакомый с географическими данными того времени, полученными им от португальских мореплавателей и английских ученых, решил отыскать неизвестные пути в восточные страны.

В 1574 году власти санкционировали его экспедицию. К ней присоединился Майкл Лок, как и Фробишер, стремившийся отыскать этот путь. В июне 1576 года экспедиция отправилась в плавание. Два корабля, «Габриэль» и «Михаэль», и пинасса вышли в июле из Дептфорда, прошли Северное море, обогнули Шотландские и Фарерские острова и добрались до южной оконечности острова Гренландия. Не выдержав трудностей перехода, одно из судов, «Михаэль», вернулось в Бристоль; пинасса погибла в пути. Фробишер на «Габриэле» с командой из восемнадцати человек отважно пробивался во льдах, пока не вышел в залив, названный впоследствии его именем. Отсюда корабль Фробишера повернул обратно и вернулся в Харвич 2 октября. Его возвращение произвело сенсацию в Англии. Дело в том, что на пустынном берегу новооткрытого залива были найдены черные камни с прожилками, очень похожими на золото. Немедленно была организована компания с участием королевы, важных государственных сановников и магнатов лондонского Сити.

Цели следующей, второй экспедиции определялись не столько поисками северо-западного прохода, сколько освоением открытой «Золотой земли», названной королевой «Мета инкогнита» («Неведомая цель»), оттуда намеревались вывезти как можно больше руды. Экспедиция вышла в море в мае 1577 года и вернулась в сентябре. Было привезено около 200 тонн неизвестной черной породы с «золотыми» блестками. Известный немецкий ученый Бурхард Кренич исследовал новую породу и дал оптимистический прогноз по поводу возможного содержания в ней золота. Все наперебой помещали деньги в сказочно богатое предприятие. Королева вложила в дело 1350 фунтов, а граф Оксфорд – 2 тысячи фунтов. Было решено отправить в следующем году пятнадцать судов с горняками, каменщиками, золотодобытчиками, привезти 2 тысячи тонн камня, на месте находки заложить форт и организовать масштабную добычу руды.