Больных прятали, погибая целыми семьями. В апреле умерло 744 человека, в мае – 851, в июне – 1099. Ответственный за ликвидацию «язвы» генерал-поручик Пётр Еропкин учредил из московских врачей Медицинский совет, выявлявший зачумленных для помещения их в больницу, устроенную в Николо-Угрешском монастыре. Самойлович вызвался руководить больницей и жить в ней безвыездно.

Его помощники – подлекари и студенты-медики, – по словам Самойловича, «испытывали ужасные страдания и в большинстве гибли». А сам он перенес чуму в легкой форме: день болела голова и ощущалась слабость, затем только боль в паху, где возник бубон, который за неделю рассосался.

Лечение чумы было симптоматическим: карбункулы и бубоны обрабатывали припарками, чтобы они скорее отделились от кожи, потом вскрывали. «Особенно часто я делал разрезы чумных бубонов, когда они достигали необходимого созревания, – вспоминал Самойлович. – Выжимая из них гной, я не мог избежать загрязнения пальцев… Хотя очищал от гноя свои бистури (скальпели) и ланцеты, но, так как они нужны были мне каждую минуту, я их всегда имел при себе в сумке. Отсюда легко заключить, что я не только всегда имел дело с чумным ядом, но что яд этот всегда был в моих карманах».

И тогда Самойловича осенило: «Не могу ли я считать, что, погружая свои пальцы в яд, вирулентность которого ослаблена доброкачественным гноем, или имея при себе инструменты, которые также погружались в этот гной, я подвергался своего рода инокуляции? Между тем мои помощники, накладывая припарки и прикасаясь к несозревшим бубонам, содержавшим гной еще не ослабленной силы, отважно подвергались всей ярости врага, принесшего им гибель». Студенты-медики Степан Цветков, Алексей Назаров и Алексей Смирнов невольно выступили в роли контрольной группы: они погибли, имея дело с неослабленным возбудителем чумы.

Эта догадка создала Самойловичу имя в науке. За нее 12 медицинских академий Европы сделали его своим почетным членом. Впоследствии Самойлович раздобыл 250-кратный микроскоп и пытался найти в бубонном гное возбудитель болезни, «чумной яд». Но, не имея ни понятия о микробах, ни анилиновых красителей, бациллы не увидел. Обнаружил только «нечто, похожее на лягушачью икру». Вероятно, лимфоциты.

Уверенность Самойловича в своей гипотезе возросла, когда точно такая же история произошла в больнице Лефортовского дворца с ее главным врачом Петром Ивановичем Погорецким (1740–1780). Погорецкий с Ягельским предложили Самойловичу «подать на грант»: просить у Медицинской коллегии стипендию, чтобы ехать в Европу за шапочкой доктора медицины и там опубликовать свою теорию. Казалось, теперь, когда Самойлович переболел, ему ничего не угрожает.

Эпидемия нарастала. В июле погибло 1708 человек, в августе – 7268. Угрешская больница стала тесна, Еропкин устроил новую в Симонове монастыре, где братия вымерла от чумы. Главным врачом там стал Самойлович. Сломав стены келий, он получил залы, вмещавшие беспрецедентное количество пациентов – более 2000. Выздоравливающих переводили в Данилов монастырь.

Хотя генерал-поручик Еропкин выполнял все рекомендации Медицинского совета, его меры оборачивались во вред. Опечатали бани – люди перестали мыться, облегчив передачу инфекции. Запретили въезд с товарами на территорию Москвы – подорожали продукты. Цены выросли еще сильней, когда закрыли на карантин питейные заведения, не говоря уже о том, что стало негде забыться. Трезвеющий народ воспринимал действительность все более критически.

Закрыли фабрики – стало негде работать. Продавать вещи нельзя: торговлю с рук запретили, ограничивая циркуляцию заразных вещей и денег. Чтобы не обездолить близких, больные разбредались по городу и умирали подальше от дома, так что их личность нельзя было установить. Полиция стала обходить дома, фиксируя все случаи повышения температуры: если смерть наступала за неделю, умерший считался «язвозачумленным» и его имущество уничтожалось, а родных гнали в карантин. Тогда здоровые люди стали объявляться больными, чтобы при случае от начала болезни до смерти формально проходило больше времени. Полиция привлекла к обходам врачей, которые изобличали симулянтов. В ответ начались покушения на медиков.