В современных исследованиях по истории науки философские положения Омара Хайяма отождествляются с учением Авиценны, которое определяется как средневековое восточное аристотелианство. Эта картина мира, принятая в свое время западно-европейской схоластикой, нашла отражение в «Божественной комедии» итальянского поэта Данте Алигьери. Элементы неоплатонизма в сочетании с положениями мистики чисел, утверждение несомненной реальности внешнего мира и признание всеобщей причинной связи между явлениями природы, отрицание возможности существования мира идей вне мира вещей, проблема происхождения зла и проблема абсолютной предопределенности, учение о субстанциях – все эти идеи Хайяма шли вразрез с мусульманской ортодоксией.

Что касается четверостиший Хайяма, то они парадоксальны: в них выражены противоположные, в принципе несовместимые позиции (это, кстати, в свое время привело к вопросу о том, может ли один человек быть автором настолько разнородных произведений). И действительно – у Хайяма есть и стихи славящие Аллаха и безбожные рубаи, и стихи с призывами к высокой морали, и ерничество по поводу пьянства и развратности своего «лирического героя». Как писал член-корреспондент Петербургской Академии наук В. А. Жуковский, один из первых в России исследователей наследия Омара Хайяма: «Он – вольнодумец, разрушитель веры; он – безбожник и материалист; он – насмешник над мистицизмом и пантеист; он – правоверующий мусульманин, точный философ, острый наблюдатель, ученый; он – гуляка, развратник, ханжа и лицемер; он – не просто богохульник, а воплощенное отрицание положительной религии и всякой нравственной веры; он – мягкая натура, преданная скорее созерцанию божественных вещей, чем жизненным наслаждениям. <…> Можно ли в самом деле представить человека, если только он не нравственный урод, в котором могли бы совмещаться и уживаться такая смесь и пестрота убеждений, противоположных склонностей и направлений, высоких доблестей и низменных страстей и колебаний».

На первый взгляд это кажется невозможным, но все становится на свои места, когда выясняется, что в рубаи прослеживается весь жизненный путь поэта. Переводчик И. Голубев так представляет основные вехи на этом пути: «Доверчивое благоговение перед Богом, потом осторожные жалобы на тяготы пути, потом просьбы, мольбы, сомнения, наконец – требования; потом внимательный анализ творческой деятельности Бога, ошеломляющие догадки о месте Бога и человека в мире; Хайям раскрывает позорную тайну Творца и перестает его уважать, и тогда уже звучат издевки, насмешки, наконец, откровенные проклятия, порожденные не только эмоцией, но и знанием».

Хайям писал стихи всю свою долгую жизнь, о чем свидетельствуют упоминания в них возраста – то «скоро тридцать», то «уже за семьдесят». И действительно, начинал он с юношеского восхваления Аллаха:

постепенно приходя к отрицанию божественного и божественности по мере совершенствования своей мировоззренческой системы (ведь даже если эти четверостишия не принадлежат Хайяму, то они показывают, что в персидской традиции антирелигиозные стихи прочно связаны с его именем):