Работа двигалась крайне медленно, и это вызывало постоянные упреки Мерсенна. Декарт оправдывался тем, что усиленно занимается конкретными естественнонаучными проблемами, без чего, по его мнению, сочинение будет далеким от совершенства. Особенно важными представлялись ему занятия алгеброй и геометрией. По собственному свидетельству Декарта, время от времени он отводил несколько часов специально на то, чтобы упражняться в приложении своего метода к трудным проблемам математики.

Завершить свой главный труд Декарт предполагал в начале 1633 года. Он писал Мерсенну: «Я называю Вам дату, чтобы более обязать себя и чтобы Вы могли упрекнуть меня, если я поступлю иначе. Впрочем, Вы удивитесь, что я беру столь долгое время для написания рассуждения, которое будет настолько кратким, что, думаю, его можно будет прочитать за один вечер». Однако этому труду не суждено было увидеть свет.

Летом 1633 года работа над «Трактатом о свете» уже близилась к завершению, и Декарт сообщал Мерсенну, что остается лишь внести некоторые исправления и переписать рукопись. Но когда все было закончено, стало известно о том, что инквизиция осудила книгу Галилея «Диалоги о двух величайших системах мира». Все экземпляры этого сочинения по решению трибунала сожгли, а автора приговорили к наказанию. Это событие произошло 23 июня 1633 года, и весть о нем, дойдя до Декарта с большим опозданием, резко изменила все его научные планы.

Приговор, вынесенный выдающемуся итальянскому ученому, стал для Декарта тяжелым ударом. Он писал Мерсенну: «Это меня так поразило, что я почти решился сжечь все мои бумаги или, по крайней мере, никому их не показывать. Не могу представить себе, что итальянец, пользовавшийся даже благосклонностью папы, о чем я слышал, мог быть осужден только за то, что хотел обосновать движение Земли. Я знал, что это критиковалось прежде некоторыми кардиналами, но мне казалось, что с тех пор оно беспрепятственно публично преподавалось даже в Риме». Затем следует чрезвычайно важное признание: «Если это ложно, то ложны также все основания моей философии». Декарт заключает: «Но поскольку я ни за что на свете не хотел бы, чтобы мною было выпущено рассуждение, в котором содержалось хотя бы слово, не одобряемое церковью, я скорее уничтожил бы его, чем позволил ему появиться искалеченным». «Трактат о свете» остался неопубликованным, а полная рукопись сочинения впоследствии была утеряна…

Потрясение, пережитое в 1633 году, оказалось настолько сильным, что вся дальнейшая работа Декарта несла на себе его отпечаток. Биографы нередко упрекают великого ученого в чрезмерной осторожности, так как в протестантской Голландии ему не грозила непосредственная опасность из-за публикации трудов, содержащих осужденные Ватиканом идеи. По-видимому, немалую роль при этом сыграло его беспокойство за судьбу своих работ. Декарт хотел, чтобы они получили распространение не только в Голландии, но и во всех странах Европы, прежде всего – в католической Франции, с учеными кругами которой он был связан теснее всего.

Однако от своей теории Декарт не отказался. Вскоре он начал работать над новым сочинением, в котором, хотя и в несколько иной форме, нашли выражение идеи, излагавшиеся в «Трактате о свете».

Первый опубликованный труд Декарта «Рассуждение о методе, чтобы хорошо направлять свой разум и отыскивать истину в науках» вышел в 1637 году. К нему прилагались трактаты «Диоптрика», «Метеоры» и «Геометрия», сами по себе сыгравшие огромную роль в истории науки.

Книга была написана на французском языке. Отказавшись выпустить ее на латыни – языке науки того времени, Декарт хотел сделать свою теорию доступной широким слоям читающей публики.