Фактически рассказом о лондонском периоде жизни Дарвина заканчивается история жизни ученого, и начинается история его болезни и научных трудов: «Главным моим наслаждением и единственным занятием в течение всей жизни была научная работа, и возбуждение, вызываемое ею, позволяет мне на время забывать или совсем устраняет мое постоянное плохое самочувствие. Мне нечего поэтому рассказывать о всех дальнейших годах моей жизни, кроме сведений о публикации нескольких моих книг».

Живя с женой в Лондоне, Дарвин успел написать большую работу о коралловых рифах, в которой изложил свою теорию их образования, продолжал руководить изданиями «Зоологических результатов путешествия на "Бигле"», выступал в Геологическом обществе. Кроме того, ученый продолжал собирать данные, связанные с проблемой происхождения видов И тем не менее, он писал: «За три года и восемь месяцев нашей жизни в Лондоне я выполнил меньше научной работы, чем за любой другой такой же промежуток времени в моей жизни, хотя работал с максимальным для моих сил усердием. Причиной этого были часто повторявшиеся недомогания и одно длительное и серьезное заболевание».

Чем же болел Дарвин? Как уже было сказано, еще в ранней молодости у него возникли некие болезненные проявления. Возможно, тогда они объяснялись мнительностью Чарлза, но со времени возвращения из экспедиции и до конца жизни его регулярно посещали разные по продолжительности приступы какой-то странной болезни. Недуг выражался в периодически случавшихся длительных нарушениях работы пищеварительной системы: сильных болях в области живота, приступах тошноты, рвоты. Кроме того, Дарвина мучили частые головные боли, учащенные сердцебиения, приступы слабости, иногда он терял сознание (кстати, такие же симптомы мучили в свое время Фридриха Ницше).

Споры о природе недуга Дарвина не затихают до сих пор. Врачи ставили ученому самые различные диагнозы: диспепсия, неврастения, отравление, скрытая подагра (В. Эфроимсон, к примеру, считает достижения Дарвина следствием того, что он страдал подагрой – заболеванием, в результате которого в крови накапливается избыток мочевой кислоты, что стимулирует мозговую деятельность). Некоторые врачи полагали, что во время своего путешествия их пациент заразился какой-то неизвестной науке болезнью, или же считали недуг последствием длительного плавания при сильно выраженной морской болезни. Большинство же современных исследователей склоняются к поставленному постфактум диагнозу «тревожная депрессия». К сожалению, во времена Дарвина такой раздел медицины, как психиатрия, фактически не существовал, да и до появления клинической психологии оставался не один десяток лет.

Что же было у Дарвина? Ученый писал, что во время приступов болезни ему чрезвычайно трудно сосредоточиться на работе (нарушение способности концентрировать внимание налицо). Приступы его недуга сопровождались слабостью. И хотя раздражительностью наш герой не отличался, но постоянно жаловался на окружающие его условия. Интересно, что это наблюдение ученый делает сам, говоря в посвящении жене Эмме: «…она с величайшим терпением переносила мои вечные жалобы на недомогания и неудобства». Эта же цитата косвенно подтверждает наличие у Дарвина склонности к плаксивости. Беспокойство, опасения различного рода, особенно связанные с собственным здоровьем, пессимизм – все это было выражено у Дарвина особенно сильно (достаточно только вспомнить его мнимую сердечную болезнь). Вот еще две цитаты из его автобиографии, которые подтверждают наличие соответствующих симптомов (на самом деле таких цитат можно привести гораздо больше): «Мысль о том, что я, вероятно, навсегда лишен лучшего из наслаждений – возможности исследовать новую область, заставляет меня стонать», «Когда вы были совсем маленькими, мне доставляло наслаждение играть с вами, и я с тоской думаю, что эти дни никогда уже не вернутся» (из письма детям).