Книга вышла в 1641 году под названием «Размышления о первой философии, в которых доказывается существование Бога и души». Он включил в нее замечания критиков и свои ответы на эти замечания. Дискуссия заставила Декарта взяться за написание нового труда, в котором его учение излагалось бы полностью.

В то время когда Декарт работал над «Рассуждением о методе» и «Размышлениями о первой философии», в его личной жизни произошли важные перемены. Известно, что спустя пять-шесть лет после переселения в Голландию в его жизнь вошла женщина по имени Елена. Сведений о ней почти не сохранилось, неизвестны даже ее фамилия и возраст. Уроженка Девентера, она находилась в услужении у одного из амстердамских знакомых Декарта. Ее социальное положение было, следовательно, намного ниже положения Декарта. По вероисповеданию она была протестанткой. Этим, вероятнее всего, и объясняется факт, что их близкие отношения, длившиеся около шести лет, так и не были узаконены. Декарт, видимо, старался держать их в тайне. Известно, однако, что Елена владела грамотой, так как некоторое время переписывалась с Декартом.

19 июля 1635 года у Елены родилась дочь Франсина. Некоторые биографы считают, что в имени, которое отец дал ребенку, отразилась его тоска по родине.

Девочка заняла в жизни Декарта важное место, внесла в нее радость. Вероятно, в период между 1637 и 1640 годами Франсина и ее мать жили у Декарта. Постепенно он начал думать об образовании дочери, намеревался отправить ее во Францию и даже наметил, у кого она будет воспитываться. Однако этим планам не суждено было осуществиться: 7 сентября 1640 года девочка умерла от скарлатины. Вскоре Декарта ожидало новое несчастье – смерть отца, последовавшая 17 октября 1640 года. В одном из писем он говорит об утрате двух очень близких ему людей и о своей скорби в связи с этим.

Примерно в то же время скончалась и сестра Декарта, Жанна. Из его жизни навсегда исчезла Елена – во всяком случае он нигде больше о ней не упоминал. Таким образом, в течение очень короткого времени Декарт потерял несколько их близких людей, однако внешне эти события не отразились на его жизни – как всегда, он старался быть спокойным и следовал своему тезису о том, что хорошая жизнь – это скрытая жизнь. Ученый продолжал работать над своим самым большим сочинением – трактатом «Начала философии».

Летом 1644 года Декарт отправился на родину. Он собирался ознакомить парижских ученых с «Началами философии», готовившимися тогда к печати. Декарт надеялся, что этот труд откроет его учению доступ в университетские аудитории. Книга вышла в июле 1644 года в Амстердаме на латинском языке.

Декарт пробыл во Франции пять месяцев. В это время он познакомился с известным философом Клодом Клерселье, ставшим ревностным последователем картезианства (после смерти ученого именно Клерселье опубликовал его переписку и часть неизданных сочинений). Он же представил Декарта своему родственнику П. Шаню, посланнику Франции в Швеции, с которым тот подружился.

Об этом периоде жизни Декарта известно немало. Жизнь его была предельно размеренной. Он следовал своей привычке по утрам долго не подниматься с постели, отводя это время на размышления. Однако «снисходительность, которую он проявлял к потребности своего тела, никогда не доходила до лени». Декарт работал много и подолгу. После полудня отдыхал в саду или выходил на прогулку, беседовал с друзьями, а после шестнадцати часов начинал работу, которая длилась до ночи.

Хилый в юности, Декарт в зрелые годы почти никогда не болел, что объясняется, по всей видимости, ровным и размеренным образом жизни. Он любил физические упражнения и охотно занимался ими во время отдыха. Рассматривая здоровье тела как основное после истины благо жизни, Декарт придавал большое значение его сохранению. Но врачам и «химическим» лекарствам он не доверял и лечил себя самостоятельно. Главные его лекарства – это диета и ограничение деятельности. К пище Декарт был нетребователен и предпочитал фрукты и овощи, считая их более полезными для здоровья, чем мясо. В то же время он чрезвычайно ценил жизненные удобства и поэтому внимательно подбирал прислугу. Посещавшие его друзья отмечали искусство его кухарки.